核心结论：离职后双方达成附条件付款协议，其时效计算需根据条件成就时间、原债务性质及诉讼时效中断情形综合判断，具体分以下情况分析。

1. 附条件付款协议的时效起算点

根据《民法典》第158条，附条件的民事法律行为，自条件成就时生效。因此，诉讼时效的起算点应为条件成就之日。例如：

• 若协议约定“离职后3年内公司盈利时支付补偿款”，则时效自公司实际盈利（条件成就）之日起算3年；
  
• 若条件长期未成就（如公司持续亏损），则时效不开始计算，但需注意权利人是否在合理期限内主张权利（避免因条件长期不成就导致权利滥用）。

2. 原债务的诉讼时效是否中断

若附条件付款协议是对原离职债务（如工资、经济补偿）的重新约定，需判断原债务的诉讼时效是否因协议达成而中断：

• 中断情形：根据《民法典》第195条，权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等行为，可导致诉讼时效中断。双方签订附条件协议，可视为对原债务的重新确认，原债务时效从中断时重新计算3年；
  
• 不中断情形：若协议仅变更履行方式（如分期支付），但未明确承认原债务，则可能不构成时效中断，需以原债务到期日为时效起算点。

3. 最长诉讼时效的限制

根据《民法典》第188条，诉讼时效期间自权利人知道或应当知道权利受损之日起算，但最长不超过20年。即使附条件协议的时效起算点较晚，权利人仍需在20年内主张权利，否则将丧失胜诉权。

4. 实务建议

• 保留条件成就证据：如公司盈利的财务报告、双方沟通记录等，以证明时效起算点；
  
• 及时主张权利：在条件成就后3年内通过书面催告、诉讼等方式固定权利，避免超期；
  
• 协议条款明确化：签订附条件协议时，建议明确约定“条件成就后X日内支付，否则视为违约”，以减少争议。

总结：附条件付款协议的时效计算需结合条件成就时间、原债务性质及中断情形综合判断。建议根据具体协议内容，通过书面催告或诉讼及时主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询。