判决生效后各方达成分期付款协议，执行时效的计算需分情况讨论，具体如下：

1. 若分期付款协议重新约定了履行期限
   根据《民法典》第195条及《民事诉讼法》相关规定，执行时效自最后一期履行期限届满之日起重新计算3年。例如：原判决要求被告于2023年1月1日前支付100万元，后双方协议改为分三期支付（2023年3月、6月、9月各支付30万、30万、40万），则执行时效从2023年9月30日最后一期到期日起算，至2026年9月30日届满。
   关键点：需明确协议中是否对原判决的履行期限进行了实质性变更。若仅约定分期支付方式但未改变总履行期限（如仍要求1年内付清），则执行时效仍从原判决履行期届满日起算。

2. 若分期付款协议未明确履行期限或约定不明**
   根据《民法典》第511条，履行期限不明确的，债务人可以随时履行，债权人也可以随时请求履行，但应当给对方必要的准备时间。此时执行时效从债权人首次主张权利并给予合理期限届满后起算。例如：协议仅约定“分期支付”，但未明确每期时间，债权人于2023年2月1日发函要求被告30日内支付第一期，则执行时效从2023年3月1日起算3年。
   风险提示：若债权人未及时主张权利，可能导致时效中断或重新计算的风险，建议通过书面催告、律师函等方式固定主张权利的证据。

3. 若分期付款协议构成债务承认或和解协议
   根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》，债务人通过分期付款协议明确表示承认债务的，诉讼时效中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。此时执行时效从协议签订之日起算3年，但需注意：若协议中约定了履行期限，仍以最后一期履行期届满日为准。

实务建议：

• 签订分期付款协议时，务必明确每期金额、履行时间、违约责任（如逾期则全部到期），并保留对方签收协议的证据；
  
• 若对方未按协议履行，及时通过书面催告、诉讼等方式主张权利，避免时效经过；
  
• 协议签订后，可要求对方提供担保（如抵押、保证），增强债权实现保障。
  

如有具体协议条款或案件细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合协议内容进一步解答。