核心结论：职工离职后达成附期限的付款协议，诉讼时效的计算需结合协议履行期限、权利主张时间及中断事由综合判断，具体分以下情况分析：

1. 附期限付款协议的时效起算点

根据《民法典》第188条，诉讼时效自权利人知道或应当知道权利受损且义务人确定之日起计算。对于附期限的付款协议：

• 若协议明确约定付款期限（如“离职后6个月内支付”），时效自期限届满次日起算。例如，协议约定2023年1月1日付款，则时效从2023年1月2日起算3年，至2026年1月1日届满。
• 若协议未约定明确期限，但约定了付款条件（如“公司收到项目回款后支付”），时效自条件成就且权利人知道或应当知道之日起计算。若条件长期未成就，权利人可主张协议履行不能，时效自权利人明确要求履行但被拒绝之日起算。

2. 时效中断的特殊情形

若在时效期间内发生以下事由，时效重新计算：

• 权利人主张权利：如职工向公司发函催款、通过律师协商或提起诉讼/仲裁，需保留书面证据（如催款函、录音、邮件等）。
• 义务人同意履行：如公司书面承诺延期付款或部分还款，时效自承诺之日起重新计算3年。
• 其他中断事由：如双方达成新的还款协议、职工向调解组织申请调解等。

3. 离职补偿与工资支付的时效差异

需注意区分协议性质：

• 离职经济补偿：若协议内容为《劳动合同法》规定的经济补偿，时效适用劳动争议仲裁时效（1年），自离职之日起算。但若协议转化为普通债权（如约定分期支付补偿款），则适用3年诉讼时效。
• 工资或奖金：若协议涉及未支付的工资、奖金，时效自劳动关系终止之日起1年，但若转化为普通债权（如约定离职后分期支付奖金），则按3年计算。

4. 实务建议

• 保留证据：保存协议原件、催款记录、公司承诺文件等，避免因证据缺失导致时效抗辩成立。
• 及时主张：在期限届满后尽快通过书面形式催款，或直接起诉/申请仲裁，防止时效经过。
• 协议审查：签订附期限协议时，可约定“若公司未按期支付，职工有权立即主张全部款项”，以规避分期付款的时效风险。

示例：
职工A于2022年1月1日离职，与公司签订协议约定“公司应于2022年7月1日支付补偿款5万元”。若公司未支付，A需在2025年7月1日前起诉（3年时效）；若A于2023年1月1日发函催款，时效中断并重新计算3年，至2026年1月1日届满。

如有具体协议条款或争议细节，可进一步提供信息，我将为您详细分析时效风险及应对策略。