在公司以补偿金不准为由起诉的情况下，员工仍可以先去执行工资。具体分析如下：

一. 工资与补偿金的独立性

1. 工资与补偿金的法律性质不同：工资是员工提供劳动后应得的报酬，而补偿金通常是因为某种特定原因（如解除劳动合同、工伤等）由用人单位支付给员工的额外款项。两者在法律上具有独立性，互不影响。
2. 执行工资不影响补偿金诉讼：员工申请执行工资，是基于其与用人单位之间的劳动关系和工资支付义务。而用人单位以补偿金不准为由起诉，是针对补偿金的数额或支付问题。两者涉及的法律关系和争议焦点不同，因此执行工资并不会对补偿金的诉讼产生直接影响。

二. 法律依据

• 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这表明，工资是劳动者的合法权益，应当按时支付，不受其他争议的影响。
• 同时，根据民事诉讼法的相关规定，当事人对于已经发生法律效力的判决、裁定或调解书，可以申请执行。在执行过程中，如果涉及其他争议，并不影响已生效法律文书的执行。

三. 实际操作建议

• 先申请执行工资：员工可以依据劳动合同和工资支付记录，向法院申请执行工资。这有助于保障员工的基本生活需求，同时也是维护自身合法权益的正当行为。
• 关注补偿金诉讼进展：虽然执行工资与补偿金诉讼可以并行不悖，但员工仍需关注补偿金诉讼的进展。如果诉讼结果对补偿金的数额或支付有影响，员工可以根据判决结果采取相应的法律措施。

综上所述，在公司以补偿金不准为由起诉的情况下，员工完全可以先去执行工资。这两者是独立的法律关系和争议焦点，互不影响。如有进一步需要，您可以继续咨询我。