结论前置：分公司的部门副经理免职需依据公司章程、劳动合同及相关法律法规进行，具体流程和依据如下：

1. 依据公司章程或内部管理制度
   分公司作为总公司的分支机构，其管理权限通常由总公司授权。若公司章程或内部管理制度明确规定了副经理的任免条件、程序（如考核不达标、严重失职等），则需按制度执行。例如，章程可能规定“副经理连续两年考核不合格，总公司有权免职”，此时总公司可直接作出决定，并通知分公司执行。

2. 依据劳动合同约定
   若副经理与分公司签订了劳动合同，且合同中约定了“甲方（公司）有权根据经营需要调整乙方岗位”或“乙方严重违反规章制度时，甲方可解除合同”等条款，则公司可依据合同解除劳动关系，间接实现免职。但需注意：

   • 解除合同需符合《劳动合同法》规定（如提前30日通知、支付经济补偿等）；
     
   • 若副经理无重大过错，单方解除可能构成违法解除，需承担赔偿责任。

3. 依据法定事由免职
   根据《公司法》及《劳动合同法》，以下情形可直接免职且无需补偿：

   • 副经理利用职务之便谋取私利、泄露商业秘密等严重违反职业道德；
     
   • 被依法追究刑事责任；
     
   • 因失职造成公司重大损失（需有证据证明因果关系）。
     此时，公司需留存书面证据（如审计报告、刑事判决书等），并履行内部决策程序（如董事会决议）。

4. 程序合规性要求

   • 决策程序：免职决定应由有权机构作出（如总公司董事会、分公司负责人经授权），并形成书面文件；
     
   • 通知义务：需向副经理送达免职通知，明确免职原因、依据及生效时间；
     
   • 后续手续：若涉及劳动关系解除，需办理工作交接、社保转移等手续；若仅调整岗位，需协商一致并签订变更协议。

风险提示：若免职程序或依据不合法（如无制度支持、未支付补偿等），副经理可能通过劳动仲裁主张继续履行合同或索赔。建议操作前审核相关文件，并保留沟通记录。

如有具体案例或制度条款需进一步分析，可直接向我提问。