员工调休期间被公司扣工资，除特定合法情形外，通常是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律依据与通常不合法的原因
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，在正常的休息日（包括周末和法定节假日），员工有权享受带薪休假，用人单位不得无故扣减工资。
- 同时，《中华人民共和国劳动法》第九十一条明确规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，将受到法律制裁。
通常不合法的原因：
- 调休是用人单位因工作需要，安排员工在休息日工作后，给予员工相应时间的补休。在调休期间，员工实际上是在享受其应得的休息时间，因此用人单位不应扣减工资。
- 如果用人单位未经员工同意，便扣除调休期间的工资，这既违反了法律规定，也损害了员工的合法权益。
二、可能合法的特殊情况
尽管通常情况下调休期间扣工资不合法，但也存在某些特殊情况下扣减工资可能具有合法性：
员工请事假：
- 若员工在调休期间向公司请事假并获得批准，公司可以按照规章制度扣除事假期间的工资。但这要求公司有明确的请假制度，并且该制度已向员工公示。
与加班调休相关但员工不配合：
- 如果员工之前在休息日加班，公司安排了调休但员工拒绝或不配合调休安排，且公司有明确的加班和调休制度，并已提前告知员工，那么公司可能根据制度进行适当工资调整。但这种情况较为特殊，且需要公司有充分的证据证明员工不配合调休安排。
经济赔偿：
- 在某些特殊情况下，如员工违反企业管理制度并给企业造成经济损失，用人单位可以要求员工赔偿经济损失，并从其工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
三、维权途径与建议
如果员工认为公司在调休期间扣工资的行为不合法，侵害了自身权益，可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
沟通协商：
- 首先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣工资的原因并提供相应依据。如果公司能够给出合理的解释和依据，且符合法律规定，那么员工可以理解并接受；如果公司无法给出合理的解释和依据，或者解释和依据不符合法律规定，那么员工可以继续采取其他维权措施。
投诉举报：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉举报，寻求政府部门的帮助。劳动监察部门有权对用人单位进行调查，并责令用人单位支付被克扣的工资。
劳动仲裁与诉讼：
- 如果投诉也无法解决问题，员工可以向劳动仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。在仲裁和诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明自己的权益受到了侵害。
总结与建议：员工在调休期间被公司扣工资，除特定合法情形外，通常是不合法的。员工应充分了解自己的权益，并在权益受损时及时采取措施维护自身合法权益。如果遇到类似问题，建议先与公司沟通协商，协商无果后再考虑投诉举报或申请劳动仲裁与诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。