仅有转账记录不一定能够立案调查员工吃回扣的行为，但可以作为重要线索和证据之一。以下从刑事和民事两个角度为你详细分析：

刑事角度

从刑事方面来讲，倘若转账记录所显示的金额以及往来方式等符合回扣行贿受贿的初步特性，比如转账金额与业务往来存在不合理关联、转账时间与业务关键节点吻合等，司法机关有可能会展开立案侦查。然而，要确定构成行贿受贿犯罪，不能仅仅凭借转账记录这一单一证据。

根据《中华人民共和国刑法》第一百六十三条的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，才构成非国家工作人员受贿罪。因此，除了转账记录外，还得结合其他证据，像双方针对回扣的约定（可以是书面协议、聊天记录等）、相关的业务往来状况（合同、订单等）、证人的证言等，以此来证明该转账的性质属于回扣并且涉及违法犯罪行为。只有证据充分且达到立案标准，司法机关才会正式立案。

民事角度

如果是商业活动中的回扣纠纷，从民事角度而言，转账记录可以作为初步证据来表明双方存在资金往来。但同样需要更多的辅助证据来证实该转账为回扣性质，例如交易习惯（该行业普遍存在的回扣方式、比例等）、双方交流的相关证据（邮件、短信、通话录音等）。只有形成了完整的证据链条，法院才更有可能受理立案并作出判断。

法律建议

1. 全面收集证据：除了转账记录外，要尽可能收集其他相关证据，如财务记录、交易凭证、证人证言、双方沟通记录等。这些证据相互印证，才能更有力地证明员工存在吃回扣的行为。
2. 及时报案：如果证据充分且达到立案标准，企业可以向公安机关报案，由公安机关进行立案侦查。在报案时，要提供详细的证据材料和案件情况说明。
3. 咨询专业律师：在整个过程中，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况，为你提供更具体的法律建议和指导，帮助你更好地维护自身权益。

如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。