主体灭失的情况下，一般不能直接跟行业主管部门确认劳动关系。以下从不同角度进行详细分析：
一、劳动关系确认的基本原则
劳动关系是劳动者与用人单位之间基于劳动合同或事实劳动关系而形成的法律关系。其确认通常依赖于劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等直接证据。行业主管部门，如劳动行政部门，主要负责劳动政策的制定、执行和监督，并不直接参与劳动关系的确认。
二、主体灭失对劳动关系确认的影响
用人单位主体灭失：
- 当用人单位因破产、解散、注销等原因主体灭失时，其与劳动者之间的劳动关系原则上随之终止。
- 在此情况下，劳动者无法再通过原用人单位来确认劳动关系，因为原用人单位已不存在。
- 劳动者若需证明曾与该用人单位存在劳动关系，通常需要依靠劳动合同、工资单、工作证等历史证据。
劳动者主体灭失：
- 若劳动者因死亡等原因主体灭失，其与用人单位之间的劳动关系同样终止。
- 在此情况下，劳动者的近亲属或法定继承人可能需要根据相关法律规定，处理与用人单位之间的遗留问题，如工资结算、经济补偿等，但这并不涉及劳动关系的重新确认。
三、行业主管部门在劳动关系确认中的角色
- 行业主管部门，如劳动行政部门，在劳动关系确认中主要扮演监管和调解的角色。
- 当劳动者与用人单位之间因劳动关系确认发生争议时，劳动者可以向劳动行政部门投诉或申请调解。
- 但劳动行政部门并不直接确认劳动关系，而是通过调解、仲裁或监督等方式，促使双方达成协议或依法处理争议。
四、特殊情况下的处理
- 在某些特殊情况下，如用人单位主体灭失后，其资产被其他企业接收或兼并，劳动者可能试图与接收企业确认劳动关系。
- 但这种情况下，劳动关系的确认需要依据接收企业与原用人单位之间的协议、资产转让合同等法律文件，以及劳动者与接收企业之间的实际用工情况来综合判断。
- 行业主管部门可能在此过程中提供政策指导或监督，但并不直接参与劳动关系的确认。
法律建议：
- 若您面临用人单位主体灭失且需确认劳动关系的情况，建议首先收集并保存好与原用人单位相关的劳动合同、工资单、工作证等证据。
- 若无法直接确认劳动关系，您可以考虑向劳动行政部门投诉或申请调解，寻求政策指导或帮助。
- 在处理过程中，若遇到复杂或疑难问题，建议及时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。
如有任何劳动纠纷方面的法律问题，可以直接向我咨询。