申请确认劳动关系的主体主要包括劳动者和用人单位，这一确认过程在劳动关系建立、存续或发生争议时尤为重要。以下是对这一问题的详细解答：

一、劳动者作为确认劳动关系的主体

劳动者是劳动关系中的一方，当劳动者认为与用人单位之间存在劳动关系，或对劳动关系的性质、存续时间等存在疑问时，有权向相关部门申请确认劳动关系。例如，在工伤认定程序中，劳动者若希望获得工伤赔偿，首先需要确认与用人单位之间存在劳动关系。此时，劳动者可以向劳动行政部门（如人社部门）提出工伤认定申请，并附上相关证据以证明劳动关系的存在。

二、用人单位作为确认劳动关系的主体

用人单位同样是劳动关系中的一方，当用人单位对与劳动者之间的劳动关系性质、存续时间等存在疑问，或劳动者提出的工伤认定等主张不认可时，用人单位也有权参与劳动关系的确认过程。在实际操作中，用人单位可能会对劳动者提出的劳动关系确认申请进行答辩，或提供相反证据以证明双方之间不存在劳动关系。然而，在工伤认定等特定程序中，若用人单位不认为是工伤，则需由用人单位承担举证责任，证明劳动者不构成工伤。

三、确认劳动关系的法律依据与程序

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国劳动法》及相关实施条例对劳动关系的建立、存续和终止进行了规定。
   • 在工伤认定程序中，《工伤保险条例》及最高人民法院的相关司法解释明确了劳动行政部门在工伤认定程序中具有认定劳动关系的职权。

2. 确认程序：

   • 劳动者或用人单位可向劳动行政部门（如人社部门）提出劳动关系确认申请。
   • 劳动行政部门在受理申请后，会依法进行调查、通知、送达等程序，并根据双方提供的证据作出劳动关系确认决定。
   • 若一方对确认决定不服，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

四、特殊超龄人员与劳动关系的确认

对于超龄人员（尤其是达到退休年龄但未享受养老保险待遇或领取退休金的人员），其与用人单位之间的劳动关系确认问题可能更为复杂。一方面，根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》的规定，劳动者达到法定退休年龄的，劳动合同终止；但另一方面，根据最高人民法院的相关司法解释，若超龄人员未享受养老保险待遇或领取退休金，且与用人单位之间存在人身从属性等劳动关系基本特征，则仍可能被认定为存在劳动关系。因此，在确认特殊超龄人员与用人单位之间的劳动关系时，需综合考虑相关法律法规及实际情况。

综上所述，申请确认劳动关系的主体主要包括劳动者和用人单位。在确认过程中，需遵循相关法律法规及程序，并综合考虑双方提供的证据及实际情况。