针对您提出的“追缴公积金因为有协议离职，公积金中心终结合法吗”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，住房公积金是国家规定的所有单位都必须为其职工缴存的长期住房储金，具有强制性、专项性、互助性。这意味着，任何单位都应当按时、足额为职工缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。这是单位的法定义务，也是保障职工合法权益的重要措施。

接下来，我们来看公积金中心在追缴公积金过程中的角色和职责。根据相关规定，公积金中心负责监督和管理住房公积金的缴存和使用情况。当职工发现单位不按时足额缴存住房公积金时，可以向公积金中心投诉反映情况。公积金中心在接到投诉后，会进行立案调查，并根据调查结果作出相应的行政处理。

然而，在职工与单位存在劳动争议的情况下，公积金中心的处理方式会有所不同。因为要认定单位是否违法不缴或少缴公积金，必须有确切的劳动关系、工资收入证据且能够查明。如果职工与单位之间存在劳动争议，特别是关于工资收入的争议，那么公积金中心通常会在劳动争议有明确的裁决结果后，再据以作出行政处理。

以您提到的“有协议离职”为例，如果这份协议涉及到了工资收入的调整或确认，并且双方对此存在争议，那么公积金中心可能会选择中止追缴程序，等待劳动争议的裁决结果。这是因为，工资收入是计算补缴公积金数额的重要依据，如果工资收入存在争议，那么补缴的数额也就无法确定。

至于公积金中心“终结”是否合法，这主要取决于公积金中心的处理程序是否符合法律法规的规定。如果公积金中心在接到投诉后，依法进行了立案调查，并且在发现存在劳动争议后，选择了中止追缴程序并等待劳动争议的裁决结果，那么这种处理方式是合法的。因为公积金中心需要确保行政执法的准确性和严肃性，不能在没有明确证据的情况下随意作出行政处理。

最后，我想给您一些建议。如果您发现自己的合法权益受到侵害，即单位不按时足额缴存住房公积金，您可以尽快与用人单位协商解决或向住房公积金管理中心投诉反映情况。同时，您还应注意留存劳动关系和工资收入的证明材料，并在发生争议时及时向住房公积金管理中心提供。这样，您可以更好地维护自己的合法权益。

综上所述，公积金中心在追缴公积金过程中，如果因为存在劳动争议而选择中止追缴程序并等待劳动争议的裁决结果，这种处理方式是合法的。