在满足规章制度明确、程序合法、无特殊保护情形等条件下，用人单位可以依法开除长期不来上班的员工。不过，具体能否开除以及开除的法律后果需根据实际情况来判断，以下是对此问题的详细分析：
一、可以开除的情形及法律依据
严重违反规章制度：
- 用人单位应在规章制度中明确界定旷工情形及天数，例如连续旷工3天或累计旷工5天及以上视为严重违纪。规章制度需经过民主程序制定并公示，确保员工知晓。
- 依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同，且通常无需支付经济补偿金。
医疗期满不能工作：
- 员工因患病或非因工负伤长期不能上班，医疗期届满后不能从事原工作或另行安排的工作。
- 用人单位提前三十日以书面形式通知或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同，但需支付经济补偿金。
二、开除的法定程序
- 确保规章制度合法合规：规章制度内容需符合法律法规，制定过程需经民主程序，并向员工公示。
- 收集证据：用人单位应保存考勤记录、请假申请等相关材料，作为员工长时间不上班的证据。
- 了解未出勤原因并书面通知返岗：在决定开除前，用人单位应尝试联系员工了解其未出勤原因，并要求提供相关证明。若员工无正当理由长期未上班，应向员工发送书面通知，要求其在指定期限内返岗，并明确告知逾期不返岗的后果。通知应通过可留痕方式送达。
- 履行通知义务：在解除劳动合同时，用人单位应依法履行通知或告知义务，确保员工知晓解除劳动合同的原因和依据。
三、特殊情形的处理
- 怀孕员工：女职工在孕期、产期、哺乳期等特殊时期，用人单位不能随意辞退。若违法辞退怀孕员工，员工可以要求继续履行合同或要求公司支付二倍的经济补偿金作为赔偿。
- 工伤员工：员工因工伤长期不上班，用人单位应提供必要的支持和合理安排。若员工已康复但拒绝返岗，可协商调整岗位或依据公司规章制度处理。
- 其他特殊保护对象：如员工患病或非因工负伤在规定的医疗期内，用人单位也不能随意开除。
四、法律后果与风险防范
- 若用人单位满足上述条件和程序后依法开除员工，通常是合法有效的。
- 若程序不合法或未遵循相关法律规定，员工有权通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。用人单位可能面临支付经济赔偿金、恢复劳动关系等法律风险。
举例说明：假设某公司员工小李连续旷工5天，且未提供任何请假或说明原因的材料。公司依据规章制度，向小李发送了书面通知，要求其在3日内返岗，并明确告知逾期不返岗将解除劳动合同。小李未在规定时间内返岗，公司随后依法解除了与小李的劳动合同。在此情况下，公司的做法是合法有效的。
综上所述，员工长期不来上班时，用人单位需综合考虑规章制度、法定程序、特殊情形等因素来判断是否可以开除以及开除后的法律后果。务必严格遵循法律规定和程序操作以避免法律风险。如果您有进一步的疑问或需要具体的法律建议，请直接向我咨询。