长期合同工不上班，单位在符合法定条件和程序的情况下可以开除。但具体能否开除以及开除后的法律后果，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、可以开除的情形及法律依据
严重违反规章制度：
- 若员工因自身原因（如无故旷工）长期不上班，且严重违反了公司规章制度，单位可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项的规定，单方解除劳动合同，且通常无需支付经济补偿金。但前提是，公司的规章制度需经过民主程序制定并公示，确保员工知晓，并且公司要有充分证据证明员工存在长期旷工的事实。
医疗期满不能工作：
- 若员工因患病或非因工负伤长期不能上班，且在规定的医疗期届满后，不能从事原工作或另行安排的工作，单位可以提前三十日以书面形式通知员工，或额外支付一个月工资后，解除劳动合同。但此时，单位需支付经济补偿金。
二、开除的法定程序
确保规章制度合法合规：
- 规章制度内容需符合法律法规，制定过程需经民主程序，并向员工公示。这是单位开除员工的前提条件。
收集证据：
- 单位应保存考勤记录、请假申请等相关材料，作为员工长时间不上班的证据。这些证据在后续可能的劳动仲裁或诉讼中至关重要。
了解未出勤原因并书面通知返岗：
- 在决定开除前，单位应尝试联系员工了解其未出勤原因，并要求提供相关证明。若员工无正当理由长期未上班，单位应向员工发送书面通知，要求其在指定期限内返岗，并明确告知逾期不返岗的后果。通知应通过可留痕方式送达，如电子邮件、快递等。
履行通知义务：
- 在解除劳动合同时，单位应依法履行通知或告知义务，确保员工知晓解除劳动合同的原因和依据。若单位未按法定程序操作，解除行为可能被认定违法。
三、特殊情形的处理
怀孕员工：
- 女职工在孕期、产期、哺乳期等特殊时期，单位不能随意辞退。若违法辞退怀孕员工，员工可以要求继续履行合同或要求公司支付二倍的经济补偿金作为赔偿。
工伤员工：
- 员工因工伤长期不上班，单位应提供必要的支持和合理安排。若员工已康复但拒绝返岗，单位可协商调整岗位或依据公司规章制度处理。但需注意，在工伤认定及后续处理过程中，单位的辞退流程需规范操作。
其他特殊保护对象：
- 如员工患病或非因工负伤在规定的医疗期内，单位也不能随意开除。
四、法律后果与风险防范
- 若单位满足上述条件和程序后依法开除员工，通常是合法有效的。
- 若程序不合法或未遵循相关法律规定，员工有权通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。此时，单位可能面临支付经济赔偿金、恢复劳动关系等法律风险。
建议：
- 单位在开除长期不上班的员工前，务必确保规章制度合法合规、程序正当，并收集充分证据。
- 若对开除程序或法律后果存在疑虑，建议直接向我咨询，以避免法律风险。
综上所述，长期合同工不上班时，单位需综合考虑规章制度、法定程序、特殊情形等因素来判断是否可以开除以及开除后的法律后果。务必严格遵循法律规定和程序操作以避免法律风险。