结论：公司以劳动者擅自离开岗位为由进行每天二次处罚，如多次记大过，这一做法是否合法需视具体情况而定，但在多数情况下，这种处罚方式可能缺乏充分的法律依据，且存在不合理之处。
法律分析
处罚依据的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位对劳动者进行处罚应当有明确的规章制度作为依据，且这些规章制度必须经过民主程序制定，并公示或告知劳动者。
- 如果公司没有制定明确的规章制度，或者规章制度未经民主程序制定、未公示或告知劳动者，那么公司以此为依据对劳动者进行处罚就是不合法的。
处罚的合理性：
- 即使公司有明确的规章制度，并且这些规章制度经过了民主程序制定、公示或告知了劳动者，处罚也必须合理。
- “每天二次处罚，如多次记大过”这样的处罚方式，可能过于严厉，且缺乏与劳动者违规行为相对应的合理性。合理的处罚应当与劳动者的违规行为性质、情节以及造成的后果相适应。
处罚的程序性：
- 公司在对劳动者进行处罚时，应当遵循正当的程序，包括听取劳动者的陈述和申辩、告知劳动者处罚的依据和理由等。
- 如果公司未遵循正当程序进行处罚，那么这种处罚也是不合法的。
具体建议
审查公司规章制度：
- 劳动者可以首先审查公司的规章制度，看是否有关于擅自离开岗位的处罚规定，以及这些规定是否经过了民主程序制定、公示或告知了劳动者。
与公司协商：
- 如果劳动者认为公司的处罚不合理或不合法，可以与公司进行协商，要求公司撤销或变更处罚决定。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求裁决公司撤销或变更不合理的处罚决定。
寻求法律援助：
- 在整个过程中，劳动者可以寻求专业的法律援助，以更好地维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 如果公司的处罚行为被认定为不合法或不合理，那么公司可能需要承担撤销或变更处罚决定、赔偿劳动者因此遭受的损失等法律责任。
总结：公司以劳动者擅自离开岗位为由进行每天二次处罚，如多次记大过，这一做法在多数情况下可能缺乏充分的法律依据和合理性。劳动者可以通过审查公司规章制度、与公司协商、申请劳动仲裁或寻求法律援助等方式来维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。