擅自离岗超一小时按旷工处理是否合法，需根据具体情况来判断。
首先，我们要明确的是，劳动关系的双方应当遵循劳动合同的约定以及国家的法律法规。对于“擅自离岗超一小时按旷工处理”这一规定，其合法性主要取决于以下几个方面：
公司规章制度：
- 如果公司在其规章制度中明确规定了“擅自离岗超一小时按旷工处理”，并且这一规定不违反国家的法律法规，那么公司在员工擅自离岗超一小时后按旷工处理是合法的。
- 但如果公司规章制度中没有相关规定，或者规定与法律法规相冲突，那么公司就不能擅自将员工离岗超一小时的行为视为旷工。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间的重要约定，如果劳动合同中明确规定了离岗时间与旷工的关系，那么双方应当遵守这一约定。
- 如果劳动合同中没有相关规定，公司单方面将离岗超一小时视为旷工可能会构成对劳动合同的违约。
法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，员工有权享受一定的休息和休假时间，同时也有义务遵守公司的规章制度和劳动合同的约定。
- 如果公司的规定违反了法律法规，那么这一规定就是无效的，公司不能据此将员工离岗超一小时的行为视为旷工。
综上所述，擅自离岗超一小时按旷工处理是否合法，主要取决于公司的规章制度、劳动合同的约定以及法律法规的规定。如果公司在这些方面都有明确且合法的规定，那么按旷工处理是合法的；否则，公司不能擅自将员工离岗超一小时的行为视为旷工。如果你在这方面遇到了问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。