结论：二次未经批准擅离岗位，用人单位以此为由辞退员工是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、员工行为严重性以及是否造成严重后果等因素。
分析：
公司规章制度：
- 首先，要查看公司的规章制度中是否明确规定了未经批准擅离岗位的处理方式，以及是否将此类行为列为严重违反规章制度的行为。如果公司规章制度中有明确规定，并且该规章制度已经通过合法程序制定并公示，那么员工违反这些规定，用人单位有权依据规章制度进行处理。
员工行为严重性：
- 即使公司规章制度中有相关规定，也需要评估员工二次未经批准擅离岗位的行为是否达到了“严重违反规章制度”的程度。这通常需要考虑员工行为的频率、持续时间、对工作的影响以及是否造成严重后果等因素。如果员工的行为确实严重影响了公司的正常运营或造成了重大损失，那么用人单位辞退员工可能更为合理。
法律程序与证据：
- 用人单位在辞退员工时，必须遵循法律程序，如提前通知、听取员工申辩等。同时，用人单位需要提供充分的证据证明员工确实存在二次未经批准擅离岗位的行为，以及该行为对公司造成了严重影响。如果用人单位无法提供充分证据或未遵循法律程序，那么辞退行为可能被视为违法。
特殊情况考虑：
- 还需要考虑是否存在特殊情况，如员工因紧急情况（如突发疾病、家庭紧急事务等）未经批准擅离岗位。在这种情况下，如果员工能够提供合理解释和证据，用人单位在处理时可能需要更加谨慎和人性化。
建议：
对于员工：如果面临被辞退的情况，建议首先查看公司的规章制度，了解自己的行为是否确实违反了规定。同时，收集相关证据（如工作记录、同事证言等）以证明自己的行为并未达到严重违反规章制度的程度。如果认为用人单位的辞退行为违法，可以向劳动争议调解委员会申请调解或向劳动仲裁机构申请仲裁。
对于用人单位：在辞退员工前，务必确保公司规章制度已经通过合法程序制定并公示，且员工的行为确实违反了规定并达到了严重程度。同时，遵循法律程序，提供充分证据，确保辞退行为的合法性。在处理员工问题时，也应尽量保持人性化和灵活性，考虑是否存在特殊情况或合理理由。
可能法律后果：
- 如果用人单位的辞退行为被认定为违法，可能需要支付赔偿金给员工，并可能面临劳动行政部门的处罚。
- 如果员工的行为确实严重违反了公司规章制度并造成了严重后果，用人单位辞退员工的行为则可能被视为合法，无需承担法律责任。
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