结论前置：若单位在您已交辞职报告的情况下要求填写离职申请并标注“不同意”，您可通过以下方式处理：

1. 明确法律关系：辞职报告与离职申请的性质差异
   根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。此处的“书面通知”即您提交的辞职报告，属于单方法律行为，无需用人单位同意即可生效。而单位要求填写的“离职申请”若包含“需批准”条款，则可能被认定为要约行为，需双方合意。因此，您已提交的辞职报告在法律上已构成有效通知，单位标注“不同意”不影响离职效力。

2. 应对单位要求的操作建议

   • 书面确认辞职日期：在辞职报告中明确最后工作日（如“本人将于202X年X月X日正式离职”），并保留提交凭证（如邮件、签字回执）。
     
   • 拒绝签署不利文件：若单位要求重新填写含“需批准”条款的离职申请，可书面回复“本人已按《劳动合同法》第三十七条提交辞职报告，无需另行申请”，避免签署可能限制权利的文件。
     
   • 保留证据：对单位拒绝办理离职手续的行为（如扣押证件、不结算工资），通过录音、聊天记录等方式取证。

3. 单位拒不办理离职的法律后果
   若超过三十日单位仍不办理离职手续，您有权直接离职。此时单位若扣发工资或拒绝出具离职证明，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求支付工资、经济补偿金（如存在违法情形）及赔偿因未出具离职证明导致的损失（如新工作机会丧失）。

行动建议：

• 立即以书面形式（如EMS）向单位人事部门发送《关于已提交辞职报告的催告函》，重申离职意愿及法定权利。
  
• 若单位持续阻挠，携带辞职报告、提交凭证等证据向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，主张确认劳动关系已解除并要求办理离职手续。
  

如有进一步细节需分析（如单位是否存在胁迫行为、劳动合同特殊条款等），可随时补充说明，我将为您细化应对方案。