结论前置：

1. 一般情况下，工伤病历休假证明交公司后，公司按请假扣钱是不合理的。
2. 若存在特殊情况或合同约定，需具体分析，但通常公司不能单方面扣减工资。

详细分析：

首先，我们需要明确的是，工伤是指在工作过程中因工作原因受到的伤害。当员工因工伤需要休假时，其休假性质应属于工伤假，而非普通的请假。根据《工伤保险条例》的相关规定，员工因工伤需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。

1. 一般情况下：

   • 员工提交工伤病历和休假证明后，公司应按照《工伤保险条例》的规定，将员工的休假视为工伤假，并保持其原工资福利待遇不变。
   • 如果公司在此情况下仍然按请假扣钱，那么这种行为是不合理的，也是违法的。员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 特殊情况或合同约定：

   • 虽然一般情况下公司不能按请假扣钱，但如果劳动合同中有特殊约定，或者公司规章制度中有相关规定，并且这些约定或规定不违反法律法规的强制性规定，那么可能需要具体分析。
   • 然而，即使存在这样的约定或规定，公司也不能单方面扣减员工的工资而不给予任何补偿或说明。公司应与员工进行充分沟通，并确保扣减工资的行为是合法、合理且透明的。
   • 在实际操作中，这样的约定或规定往往难以站得住脚，因为它们很可能违反了《工伤保险条例》等法律法规的强制性规定。

法律建议：

• 如果您遇到了公司按请假扣钱的情况，首先应与公司进行沟通，要求公司按照《工伤保险条例》的规定支付您的工资。
• 如果公司拒绝支付或沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关的证据，如工伤病历、休假证明、工资单等，以便在需要时提供证明。

可能后果：

• 如果公司违法扣减您的工资，您有权要求公司补发被扣减的工资，并可能获得相应的赔偿。
• 同时，公司也可能因违反法律法规而面临劳动监察部门的处罚或法律诉讼的风险。

综上所述，工伤病历休假证明交公司后，公司按请假扣钱一般是不合理的。如果您遇到了此类情况，建议及时与公司沟通并寻求法律帮助。