结论前置：

1. 工伤病历表及休假单上交公司后，不应因休假而扣除全勤工资。
2. 若公司扣除全勤工资，员工有权要求公司改正并支付应得全勤工资。

详细分析：

首先，我们需要明确工伤与病假的区别。工伤是指员工在工作过程中因工作原因受到的伤害，而病假则是指员工因非工作原因生病需要休息治疗的情况。在您的情况下，由于是工伤导致的休假，因此更应受到法律的特别保护。

关于全勤工资： 全勤工资是用人单位对员工在规定工作时间内全勤出勤的一种奖励性工资。根据相关法律法规，用人单位不能因员工请病假（更不用说工伤休假了）而扣除其全勤工资。这是因为全勤工资的发放是基于员工在规定时间内的出勤情况，而病假或工伤休假是员工因健康原因无法出勤，并非员工的主观过错。

关于工伤休假期间的工资支付： 在工伤休假期间，员工应享受工伤待遇，这包括工伤医疗期间的工资福利。根据《工伤保险条例》等相关规定，员工在工伤医疗期间，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这意味着，即使员工因工伤而休假，其工资（包括全勤工资部分，如果全勤工资是其工资构成的一部分）也不应受到影响。

若公司扣除全勤工资： 如果用人单位在员工工伤休假期间扣除了全勤工资，那么这种行为是违法的。员工有权要求用人单位改正这一错误做法，并支付应得的全勤工资。如果用人单位拒绝改正，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

建议与后续行动：

1. 与公司沟通：首先，您可以尝试与公司进行沟通，明确表达您的诉求，即要求公司按照法律规定支付全勤工资。
2. 保留证据：在沟通过程中，务必保留好相关证据，如工伤病历表、休假单、工资条等，以备不时之需。
3. 寻求法律帮助：如果公司拒绝改正或您对处理结果不满意，您可以咨询专业律师（比如我，高慧颖律师，就擅长处理此类劳动工伤问题）或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。

最后，我希望您能够顺利解决这个问题，并尽快恢复健康。如果您在后续过程中有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。