结论：公司冲饭卡，离职时刷超了是否违法及如何处理，需根据具体情况判断，一般而言，若超出部分属于员工应承担的费用且公司有明确规定，则不违法；但若超出部分无合理依据或公司规定违法，则可能涉及违法问题。以下从不同角度进行分析。
一、超出部分属于员工应承担的费用且公司有明确规定
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工应遵守公司的规章制度，包括与福利、补贴等相关的规定。
- 若公司饭卡制度中明确规定了员工离职时需结清饭卡余额，或超出部分需由员工承担，且该规定不违反法律法规的强制性规定，则员工应遵守。
法律建议：
- 员工在离职前应仔细阅读公司饭卡制度，了解相关规定。
- 若超出部分属于员工应承担的费用，员工应按时结清，避免产生不必要的纠纷。
可能后果：
- 若员工未按时结清超出部分，公司有权根据规定采取相应措施，如从员工工资中扣除、要求员工补交等。
- 若员工拒绝结清且公司规定合法，公司可能通过法律途径追讨。
二、超出部分无合理依据或公司规定违法
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，公司不得随意扣除员工工资或要求员工承担不合理费用。
- 若公司饭卡制度中的规定违反法律法规的强制性规定，如要求员工承担超出合理范围的费用，则该规定无效。
法律建议：
- 员工在离职前若发现公司饭卡制度中的规定违法或不合理，应及时与公司沟通，要求公司修改或撤销相关条款。
- 若公司拒绝修改且员工认为自身权益受到侵害，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
可能后果：
- 若公司规定违法且员工投诉或寻求法律援助，劳动监察部门或法院可能认定公司规定无效，并要求公司退还员工已承担的不合理费用。
- 公司可能因违反法律法规而受到行政处罚或承担民事责任。
三、实际操作建议
保留证据：
- 员工在离职前应保留好与饭卡相关的所有证据，如饭卡余额记录、公司规定等。
- 若发生纠纷，这些证据将有助于员工维护自身权益。
与公司协商：
- 在离职前，员工可以尝试与公司协商解决饭卡超出部分的问题。
- 协商时，员工应明确表达自己的诉求和理由，并寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律援助：
- 若协商无果且员工认为自身权益受到侵害，可以寻求法律援助或咨询专业律师。
- 律师将根据具体情况为员工提供法律建议和帮助。
总结：公司冲饭卡，离职时刷超了是否违法及如何处理，需根据具体情况判断。员工在离职前应仔细阅读公司饭卡制度，了解相关规定，并保留好相关证据。若发生纠纷，可以尝试与公司协商解决或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。