企业规定加班低于2小时不记加班，这一做法通常是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律规定层面

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。这意味着，只要用人单位安排了加班，无论时长多少，都应视为加班，并依法支付加班工资。企业自行规定“加班低于2小时不记加班”，实际上是对加班时间的随意界定，违反了劳动法的规定。

二、加班工资支付层面

用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。具体标准如下：

• 工作日加班：支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
• 休息日加班又不能安排补休的：支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
• 法定休假日加班的：支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

加班时长并非判断是否需支付加班工资的唯一标准。只要是用人单位安排的加班，无论时长多少，都应依法支付加班工资。企业规定“加班低于2小时不记加班”，并以此为由拒绝支付加班工资，是违法的。

三、实际操作与证据保存层面

在实际操作中，用人单位应依法保存加班记录等相关证据，以避免可能产生的劳动纠纷。若用人单位未按规定支付加班工资，劳动者有权向劳动行政部门投诉，要求用人单位支付相应的加班工资及经济补偿。企业规定“加班低于2小时不记加班”，且未保存相关加班记录或未支付加班工资，一旦劳动者投诉或提起劳动仲裁，企业将面临法律风险。

四、特殊情况说明

虽然企业规定“加班低于2小时不记加班”通常是不合法的，但也有一些特殊情况需要考虑。例如，如果劳动合同中明确约定了加班计算方式，且“两小时内不算加班”符合该约定，同时用人单位已将相关制度告知劳动者并经民主程序制定、内容合法，那么此规定在形式上可能具有一定合法性。但即便如此，若劳动者实际加班两小时内，用人单位却未按规定支付报酬，仍构成违法行为。用人单位不能以内部规定为由，逃避支付加班工资的法定义务。

建议：

• 对于劳动者而言，应了解自己的合法权益，包括加班工资的支付标准等。若遇到企业规定“加班低于2小时不记加班”的情况，可以与企业沟通协商，要求依法支付加班工资。若协商无果，可以向劳动行政部门投诉或提起劳动仲裁。
• 对于企业而言，应遵守劳动法的规定，合理安排加班时间，并依法支付加班工资。避免自行规定“加班低于2小时不记加班”等违法条款，以免引发劳动纠纷和法律风险。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他法律问题，可以直接向我咨询。