针对您提出的问题，即没有劳动合同且考勤卡显示多发给员工5万工资，但员工拒不承认的情况，以下是我的分析和建议：
一、法律背景与原则
在劳动关系中，工资的发放应当基于实际的工作情况和双方的约定。若没有书面劳动合同，但存在事实劳动关系，用人单位仍需按照实际工作情况支付工资。然而，若出现多付工资的情况，且员工拒不承认，用人单位需要采取合理措施来维护自身权益。
二、可能采取的措施及法律分析
收集证据：
- 考勤记录：尽管考勤卡可能显示多发了工资，但应进一步核实考勤记录的真实性，包括员工的出勤天数、工作时间等，以确认是否存在多付工资的情况。
- 工资发放记录：收集工资发放的银行转账记录、工资条等，以证明实际发放的工资数额。
- 其他证据：如与员工的沟通记录（邮件、短信、微信等）、工作安排记录等，以证明员工的工作情况和应得工资。
与员工协商：
- 在收集到足够证据后，可以尝试与员工进行协商，说明多付工资的情况，并要求员工退还多付的部分。
- 协商过程中，应保持冷静和理性，避免情绪化冲突，同时做好协商记录，以备后续使用。
法律途径：
- 劳动仲裁：若协商无果，用人单位可以向当地劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求员工退还多付的工资。在仲裁过程中，需要提交上述收集到的证据来支持自己的主张。
- 民事诉讼：若对劳动仲裁结果不满，用人单位还可以向人民法院提起民事诉讼，要求员工退还多付的工资并承担相应的法律责任。
三、法律建议与风险提示
及时采取措施：
- 一旦发现多付工资的情况，应尽快采取措施进行核实和追讨，避免证据灭失或员工转移财产等情况的发生。
合法合规操作：
- 在追讨多付工资的过程中，应遵守相关法律法规和程序规定，不得采取非法手段进行追讨。
预防未来风险：
- 为避免类似情况再次发生，用人单位应完善劳动合同管理、工资发放等制度，确保工资的发放准确无误。
- 同时，可以考虑引入第三方机构进行工资核算和发放，以降低人为错误和舞弊的风险。
四、可能的法律后果
若员工退还多付工资：
- 则案件得以顺利解决，用人单位无需承担进一步的法律责任。
若员工拒不退还多付工资：
- 则用人单位可能需要通过劳动仲裁或民事诉讼等法律途径来追讨多付的工资。
- 在此过程中，用人单位需要承担一定的诉讼成本和时间成本，并可能面临一定的诉讼风险。
针对您的情况，我建议您首先收集相关证据，并与员工进行协商。若协商无果，可以考虑通过劳动仲裁或民事诉讼等法律途径来维护自身权益。 在整个过程中，请确保合法合规操作，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。