公司可以追责肇事人，但这与公司向员工支付停工留薪期工资是两个独立的法律关系。以下从不同角度为您详细分析：
一、公司支付停工留薪期工资的法律依据与性质
根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这是公司对员工因工伤而暂时无法工作期间的一种经济补偿，旨在保障员工的基本生活需求，并促进其尽快康复并返回工作岗位。
二、公司追责肇事人的法律依据与途径
民事侵权责任：
- 如果车祸是由第三方（即肇事人）的过错造成的，那么公司作为员工的用人单位，在向员工支付了停工留薪期工资等费用后，有权根据《民法典》中关于侵权责任的规定，向肇事人追偿。
- 追偿的范围通常包括公司因员工工伤而支付的所有合理费用，如停工留薪期工资、医疗费、护理费等。
追责途径：
- 协商：公司可以尝试与肇事人进行协商，看是否能够达成赔偿协议。
- 诉讼：如果协商无果，公司可以向人民法院提起民事诉讼，要求肇事人赔偿因车祸给公司造成的损失。
- 保险代位求偿：如果公司为员工购买了工伤保险或其他相关保险，且保险条款中包含了代位求偿权，那么公司还可以在向保险公司索赔后，由保险公司代位行使向肇事人追偿的权利。
三、公司支付停工留薪期工资与追责肇事人的关系
- 独立性：公司向员工支付停工留薪期工资是其法定义务，与车祸是否由第三方造成无关。即使车祸是由第三方造成的，公司也不能因此免除其支付停工留薪期工资的责任。
- 追偿权：公司在支付了停工留薪期工资等费用后，有权向肇事人追偿。但这种追偿权是基于民事侵权责任，而不是基于公司支付停工留薪期工资的行为。
四、建议与注意事项
- 及时保留证据：公司在处理此类事件时，应及时保留与员工工伤、车祸相关的所有证据，如医疗记录、事故报告、工资单等，以便在追责时提供有力支持。
- 咨询专业律师：由于此类事件涉及多个法律领域（如劳动法、民法等），且法律关系较为复杂，因此建议公司在处理时咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。
总结来看，公司可以追责肇事人，但这并不影响其向员工支付停工留薪期工资的法定义务。公司在处理此类事件时，应明确区分两个独立的法律关系，并采取相应的法律措施来维护自身权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。