关于员工借款单在报销后是否应该返还员工的问题，这主要取决于公司的财务流程和习惯，但我可以给出一个较为普遍和合理的解释。

首先，我们要明确借款单的性质。借款单是员工向公司借款的重要凭证，它记录了借款的金额、日期、用途等关键信息。在报销过程中，财务部门会依据借款单来核对报销金额与借款金额是否一致。

1. 报销金额与借款金额的关系：

   • 如果报销金额小于借款金额，员工需要退还多余的部分给公司。
   • 如果报销金额大于借款金额，公司会补给员工差额。

2. 借款单的处理方式：

   • 普遍做法：报销结束后，借款单通常会作为财务入账的原始凭证之一。财务人员会把借款单粘贴在记账凭证后面，然后一起装订保存起来。这样做是为了方便后续可能的审计工作以及税务检查等。因此，在这种情况下，借款单是不会返还给员工的。
   • 特殊做法：不过，不同公司的财务流程和习惯可能存在差异。有的公司可能会让员工在报销后在借款单上签字，注明已报销，并留存借款单的复印件，而原件则由财务存档。但即便如此，原件通常也不会返还给员工。

3. 公司留存借款单的合理性：

   • 从财务和审计的角度来看，公司留存借款单作为入账凭证是有合理依据的。它不仅可以证明员工曾经的借款行为，还可以在后续的审计或税务检查中作为重要的参考依据。

以您提到的案例为例，小许因工作需要向公司借款并填写了借款单。之后他完成工作进行报销，且报销金额与借款金额一致。在这种情况下，公司财务表示借款单要作为入账凭证留存，不会退还。这是符合普遍财务流程和习惯的。

综上所述，员工借款单在报销后通常不会返还给员工，而是会作为财务入账的原始凭证之一被公司留存。这样做是为了确保财务记录的完整性和准确性，以及方便后续的审计和税务检查工作。