结论：公司员工借款时，借款单每联是否都要拿回来需分情况讨论，具体如下：
从财务规范和证据保留角度：
- 借款单通常设计为多联式，比如常见的三联或四联，每一联都有其特定的用途。一般来说，财务部门会留存一联作为记账凭证，用于后续的财务核算和审计；员工本人可能需要拿回一联作为借款的凭证，以证明借款事实的存在；还有一联可能会交给审批人或相关部门留存备查。
- 从规范财务流程和保留完整证据链的角度出发，每一联借款单都应当妥善保管。财务部门留存的联次用于准确记录公司的资金流动情况，确保财务数据的真实性和完整性；员工手中的联次则是其与公司在借款关系上的直接证据，在后续还款或发生纠纷时能够起到关键作用。如果缺少某一联，可能会导致财务记录不完整，或者在发生争议时无法提供充分的证据来支持自己的主张。
从实际操作和便利性角度：
- 在实际操作中，如果公司有完善的财务管理系统和电子档案记录，能够准确记录借款的各项信息，包括借款金额、借款时间、借款人等，并且员工可以通过公司内部系统随时查询自己的借款情况，那么不一定非要将每一联纸质借款单都拿回来。在这种情况下，电子记录可以作为有效的证据，纸质借款单的某些联次可能只是为了满足传统的财务流程而设置。
- 然而，即使公司有电子系统，为了确保在特殊情况下（如系统故障、数据丢失等）仍能有纸质证据作为补充，建议员工还是保留好自己手中的那一联借款单。同时，财务部门也应当对纸质借款单进行妥善保管，按照规定的期限进行存档，以备不时之需。
从法律风险防范角度：
- 从法律风险防范的角度来看，每一联借款单都应当被重视并妥善处理。借款单是证明员工与公司之间借款关系的重要法律文件，如果因为保管不善导致某一联丢失，可能会给双方带来不必要的法律风险。例如，如果员工丢失了自己手中的借款单，而在还款时公司财务记录出现错误，员工可能难以证明自己已经还款或还款金额的准确性；如果公司丢失了留存的借款单，在员工未还款或还款不足的情况下，公司可能难以通过法律途径维护自己的权益。