个人在单位的借款凭证，借款还清后单位应该归还给个人。以下是具体的分析：

法律背景

在债务债权关系中，借款凭证是证明债权债务关系存在的重要证据。当债务人还清借款后，债权债务关系消灭，借款凭证的法律效力也随之消失。此时，从法律上讲，借款凭证应当归还给债务人，即个人。

具体分析

1. 债权债务关系的消灭：

   • 当个人向单位借款并出具借款凭证后，双方形成了债权债务关系。
   • 个人还清借款后，债权债务关系即告消灭，借款凭证作为债权债务关系的证明文件，其法律效力也随之终止。

2. 借款凭证的归属：

   • 借款凭证原本属于个人出具给单位的，用于证明借款事实和借款金额。
   • 既然债权债务关系已经消灭，借款凭证作为债权债务关系的附属文件，理应归还给个人。

3. 实践中的操作：

   • 在实际操作中，当个人还清借款后，单位通常会将借款凭证退还给个人，或者由双方共同销毁，以证明债权债务关系的消灭。
   • 如果单位拒绝归还借款凭证，个人有权要求单位归还，因为借款凭证的留存可能给个人带来不必要的法律风险和麻烦。

法律建议

• 如果个人已经还清借款，但单位拒绝归还借款凭证，个人可以与单位进行协商，要求单位归还。
• 如果协商无果，个人可以寻求法律援助或向相关部门投诉，以维护自己的合法权益。

综上所述，个人在单位的借款凭证，借款还清后单位应该归还给个人。这是基于债权债务关系消灭后，借款凭证法律效力消失，且应归还给债务人的法律原则。