职工借款归还后，企业应及时进行账务处理并完善相关手续，以避免潜在法律风险。 具体处理方式如下：

1. 账务处理
   企业财务部门应根据职工归还借款的凭证（如银行转账记录、现金收据等），及时冲销原借款记录。若借款涉及利息，需核对利息计算是否准确，并确认利息收入或支出的账务处理符合税法规定。例如，企业向职工出借资金若收取利息，需按“金融保险业”税目缴纳营业税（营改增后为增值税）及附加税费；若未收取利息，则无需涉及税费问题，但需确保无利害关系人之间的借款利率符合司法保护范围（不超过LPR的4倍）。

2. 完善手续
   企业应要求职工签署《借款归还确认书》，明确归还时间、金额及方式，并由双方签字盖章。若借款涉及担保或抵押，需及时解除担保关系或注销抵押登记，避免因手续瑕疵导致企业权益受损。例如，若职工以房产作为借款抵押，企业需在借款归还后配合办理抵押权注销登记，否则可能面临抵押权持续存在而引发的法律纠纷。

3. 合规性审查
   企业需审查借款用途是否符合内部规定及法律法规。若借款用于职工个人消费或非工作相关事项，企业应确保借款协议中未约定违反公序良俗的条款（如高利贷）。若借款用于企业经营相关事项（如差旅费预支），需核对实际支出是否与借款用途一致，避免资金挪用风险。

4. 税务合规
   若企业向职工出借资金未收取利息，税务机关可能核定其利息收入并要求补缴税费。因此，企业应在借款协议中明确利息条款（即使利率为零），或通过内部财务制度规范借款行为，以降低税务风险。例如，企业可制定《员工借款管理办法》，规定借款利率范围及还款期限，确保符合税法及司法解释要求。

5. 档案保管
   企业应将借款协议、归还凭证、确认书等文件归档保存，保存期限建议不少于借款期限届满后3年。若涉及诉讼或审计，完整档案可作为关键证据，维护企业合法权益。

若企业在处理职工借款归还时遇到具体问题（如借款协议效力、税务争议等），可直接向我咨询，我将结合实务经验提供专业建议。