针对员工在职期间借款的处理问题，需结合借款性质、公司制度及法律规定综合判断，以下是具体分析：

1. 区分借款性质

   • 因公借款（如差旅费、采购备用金）：
     需按公司财务制度处理，要求员工填写借款单并明确还款期限（如报销后冲抵或限期归还）。若未及时报销或归还，公司可通过内部审批流程扣发工资（需符合《工资支付暂行规定》第16条，即每月扣除部分不得超过当月工资20%，且剩余工资不低于当地最低工资标准）。
     
   • 因私借款（如个人紧急用款）：
     属于民事借贷关系，公司应要求员工签订书面借款协议，明确借款金额、利息（如有）、还款期限及违约责任。若员工逾期未还，公司可依据协议通过诉讼追偿，但需注意避免被认定为“变相发放工资”或“非法集资”。

2. 公司制度合规性

   • 制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，借款审批流程需明确（如额度限制、审批权限）。
     
   • 禁止以“借款”形式变相克扣工资、押金或罚款，否则可能违反《劳动合同法》第9条、第84条，面临行政处罚或员工主张返还的风险。

3. 法律风险防范

   • 证据固定：保留借款协议、转账记录、催款通知等证据，避免口头约定。
     
   • 诉讼时效：自还款期限届满之日起3年内主张权利，逾期可能丧失胜诉权。
     
   • 执行问题：若员工离职后无财产可供执行，可考虑在借款时要求提供担保（如抵押、保证）或约定工资代扣条款。

4. 特殊情形处理

   • 员工离职时未归还借款：
     公司可在离职结算时扣减借款（需员工书面确认），或通过劳动仲裁主张债权（若借款与劳动关系相关）。若属民事借贷，需直接向法院起诉。
     
   • 借款涉嫌职务侵占：
     若员工虚构借款事由或挪用资金，可能构成刑事犯罪，公司应立即报警并固定证据（如审计报告、虚假单据）。

建议行动步骤：

1. 审查借款性质及公司制度；
   
2. 与员工协商补充书面协议（如需）；
   
3. 发送书面催款通知并留存证据；
   
4. 依据性质选择劳动仲裁或民事诉讼途径追偿。
   

如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步提供细节，我会协助梳理法律风险及解决方案。