针对您提出的“破产程序中已经履行完毕的合同如何处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

在公司进入破产程序后，对于合同的履行，特别是已经履行完毕的合同，其处理方式相对明确且直接。具体来说：

一、已履行完毕的合同处理原则

对于破产申请受理前已经成立且双方均已履行完毕的合同，根据破产法的相关规定及实践操作，这类合同将正常终结，无需进行特殊处理。这是因为合同双方已经按照约定完成了各自的义务，合同关系已经自然终止。

二、管理人角色与职责

在破产程序中，管理人负责全面接管债务人的财产、印章和账簿、文书等资料，调查债务人财产状况，并制作财产状况报告。对于合同的履行，管理人主要关注的是那些尚未履行完毕的合同，因为它们可能涉及到债务人的财产处置、债权人利益保护等核心问题。对于已履行完毕的合同，管理人通常不会进行过多干预。

三、债权人权益保护

虽然已履行完毕的合同无需特殊处理，但债权人在破产程序中仍需关注自己的权益。例如，债权人可以依法申报债权，参与破产财产的分配。同时，如果债权人发现债务人在合同履行过程中存在欺诈、恶意串通等违法行为，损害了其合法权益，债权人还可以通过法律途径追究债务人的法律责任。

四、特殊情况处理

当然，也存在一些特殊情况。比如，如果已履行完毕的合同中涉及到债务人的财产返还、质量保证等后续义务，且这些义务与破产财产的处置或债权人利益保护密切相关，那么管理人可能会根据具体情况进行适当处理。但这种情况相对较少见，且需要依据具体法律法规和合同条款进行判断。

总结与建议

综上所述，对于破产程序中已经履行完毕的合同，其处理方式相对简单且直接：正常终结，无需特殊处理。作为债权人或相关方，您应关注自己的债权申报和权益保护问题，并在必要时寻求专业法律帮助。如果您对破产程序或合同履行问题还有更多疑问或需要进一步咨询，请随时与我联系。