在破产清算期间，对于正在履行的合同，其处理方式是一个涉及多方面利益和法律规定的复杂问题。以下是对这一问题的详细解答：

一、管理人的权限与选择

在破产清算程序启动后，破产管理人（简称“管理人”）将接管债务人的财产和事务，包括处理正在履行的合同。管理人拥有决定合同是继续履行还是解除的基本权限，这一决策需基于最大化维护债务人财产价值和债权人利益的原则。

1. 继续履行合同：

   • 条件：若继续履行合同有助于破产企业的财产增值，或对维持企业运营、保障债权人整体利益具有积极意义，管理人可选择继续履行。
   • 程序：管理人需在破产申请受理之日起2个月内作出决定，特殊情况可经人民法院批准延长。同时，管理人应及时通知对方当事人，并可能需根据对方要求提供担保，以增强合同履行的信心。
   • 法律后果：继续履行合同产生的债务属于共益债务，优先于普通破产债权受偿，确保对方当事人的权益得到及时保障。

2. 解除合同：

   • 情形：当继续履行合同可能导致破产财产减少或损害债权人利益时，管理人有权解除合同。
   • 法律后果：合同解除后，管理人应依法承担损害赔偿责任，赔偿金额作为破产债权进行申报。同时，管理人需通知对方当事人，并处理解除后的相关事宜，如返还款项、交付货物及赔偿损失等。

二、对方当事人的权利

在破产清算期间，对方当事人也享有一定的权利，以保护其合法权益：

1. 催告权：若管理人未在规定时间内决定合同去留，对方当事人有权书面催告并要求在合理期限内作出决定。
2. 解除权：催告后合理期限内仍未获回应或明确拒绝履行时，对方当事人可解除合同，并将损害赔偿请求权作为破产债权申报。
3. 担保要求权：若管理人决定继续履行合同，对方当事人可要求其提供担保，以降低风险并确保合同履行后的权益保障。

三、法院的监督与干预

法院在破产清算程序中扮演着重要的监督角色，确保管理人的决策合理且不损害债权人利益：

1. 审查权：法院对管理人的合同处理决定享有监督权，可要求管理人说明决策理由，并在必要时进行审查。
2. 争议解决：合同处理过程中发生的争议，当事人可向法院提起诉讼，由法院依法审理并裁决。

四、特殊情况处理

在破产清算期间，还可能遇到一些特殊情况，需要特别处理：

1. 供货人破产：若供货人破产且管理人决定解除合同，购买人可要求供货人承担相当于货物价款双倍金额的赔偿责任（但不适用于一般附随义务）。
2. 特定物买卖合同：对于尚未转移占有且不属于债务人财产的特定物买卖合同，出卖人破产时，管理人不得转让该特定物，以保护买受人权益。

五、实际操作建议

1. 管理人应谨慎决策：在处理正在履行的合同时，管理人应综合考虑破产企业的权益、破产财产利益以及合同相对方的合法权益，确保决策合法合规且最大化维护各方利益。
2. 及时沟通与通知：管理人应及时与对方当事人沟通合同处理情况，并在决定继续履行或解除合同时及时通知对方，以避免不必要的纠纷和损失。
3. 寻求专业法律支持：由于破产清算程序涉及复杂的法律问题，管理人可寻求专业法律支持，以确保合同处理过程合法合规且高效有序。

综上所述，破产清算期间正在履行的合同的处理是一个复杂且关键的问题。管理人应在法律规定框架内，结合实际情况作出最有利于维护各方利益的决策，并注重保护对方当事人的合法权益。同时，法院的监督与干预也是确保合同处理公正、合法的重要保障。