结论：遇到劳动仲裁时发工资和缴纳社保的主体不是同一家公司，但仲裁只能针对一家的情况，可通过明确劳动关系主体、收集证据、选择主要责任方仲裁及考虑追加被申请人等方式来处理。具体如下：

1. 明确劳动关系主体：

   • 首先，需要确定你与哪家公司建立了实际的劳动关系。这通常通过劳动合同、工作证、工资条、社保缴纳记录等证据来综合判断。
   • 如果与发工资的公司签订了劳动合同，且实际工作也由该公司安排和管理，那么劳动关系主体很可能是这家公司。
   • 如果社保是由另一家公司代缴，但并未与你建立实际的劳动关系（如没有签订劳动合同，不直接管理你的工作），则这家公司可能不是劳动仲裁的直接对象。

2. 收集证据：

   • 收集所有能证明你与某家公司存在劳动关系的证据，包括但不限于劳动合同、工资条、银行转账记录（显示工资发放方）、工作证、考勤记录、工作邮件或聊天记录等。
   • 同时，收集社保缴纳记录，以证明社保的缴纳情况，但这主要作为辅助证据，用于说明社保缴纳与实际劳动关系可能不一致的情况。

3. 选择仲裁对象：

   • 在明确劳动关系主体后，选择与你建立实际劳动关系的公司作为仲裁对象。
   • 如果发工资的公司和缴纳社保的公司中，只有一家与你建立了劳动关系，那么选择这家公司进行仲裁。
   • 如果两家公司都与你有一定的关联，但劳动关系不明确，需要进一步通过证据来证明，此时可能需要先通过法律途径（如劳动监察、诉讼等）确认劳动关系，再进行仲裁。

4. 考虑追加被申请人：

   • 在某些情况下，如果发工资的公司和缴纳社保的公司之间存在关联关系（如母子公司、关联公司等），且这种关联关系对你的权益产生了影响，你可以在仲裁过程中考虑申请追加相关公司为被申请人。
   • 但这需要具体的证据和法律依据来支持，且并非所有情况下都能成功追加。

5. 寻求法律帮助：

   • 劳动仲裁涉及复杂的法律关系和证据收集，建议你在处理过程中寻求专业律师的帮助，以确保你的权益得到充分保护。
   • 如果你有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律指导。