结论前置：

1. 若存在实际用工关系，一般起诉实际用工单位。
2. 若存在劳务派遣关系，根据具体情况起诉派遣单位或用工单位。
3. 若存在关联公司混同用工情形，可起诉相关联公司。

具体分析： 在交社保和发工资不是同一家公司的情况下，起诉哪家公司需根据实际情况判断，核心在于确定实际用工关系及各方责任，以下分情况说明：

1. 若存在实际用工关系，一般起诉实际用工单位
   根据《劳动争议调解仲裁法》及相关司法解释，劳动争议的被告应为与劳动者建立实际劳动关系的用人单位。即使社保由其他公司缴纳、工资由其他公司代发，若实际用工单位与劳动者存在管理、指挥等从属关系，则应以实际用工单位为被告。例如：A公司实际使用劳动者，但委托B公司代发工资、C公司代缴社保，此时劳动者仍应起诉A公司。

2. 若存在劳务派遣关系，根据具体情况起诉派遣单位或用工单位
   根据《劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位是用人单位，应当履行对劳动者的义务。若劳动者与派遣单位签订劳动合同，被派遣至用工单位工作，则：

   • 若争议涉及劳动合同履行（如未支付工资、未缴社保），应起诉派遣单位；
     
   • 若争议涉及用工过程中造成的损害（如工伤、职业病），可同时起诉派遣单位和用工单位，二者承担连带责任。

3. 若存在关联公司混同用工情形，可起诉相关联公司
   实践中，部分关联公司通过交叉用工、轮流用工等方式规避责任。根据《劳动争议司法解释（一）》第四十六条，劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作，原用人单位未支付经济补偿，新用人单位向劳动者提出解除、终止劳动合同，在计算支付经济补偿或赔偿金的工作年限时，劳动者请求把在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位工作年限的，人民法院应予支持。若关联公司存在人格混同（如财务、人员、业务混同），劳动者可同时起诉相关联公司，要求承担连带责任。

建议：

1. 收集证据：劳动合同、工资发放记录、社保缴纳记录、工作证、考勤记录、工作邮件等，证明实际用工关系；
   
2. 明确诉求：根据争议类型（如工资、社保、经济补偿、工伤等），确定被告主体；
   
3. 及时维权：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。

若仍有疑问，可直接向我咨询具体案件情况。