立项后收取工程保证金是否合法，需结合具体情况判断，一般而言，若符合相关法律法规及合同约定，则是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、合法性判断依据
法律法规层面：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关实施条例，招标人在招标文件中可以要求投标人提交投标保证金，这是为了确保投标活动的严肃性和投标人的诚信。虽然该法未直接提及“立项后”收取保证金，但立项作为项目启动的前置程序，其后的招标或合同签订阶段收取保证金，在性质上与投标保证金类似，均是为了保障合同履行或项目顺利进行。
- 此外，若收取的是履约保证金，根据《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定，当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。履约保证金在性质上可视为一种定金或担保方式，只要双方约定明确且不违反法律强制性规定，即属合法。
合同约定层面：
- 合同是双方意思表示一致的产物，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，即具有法律效力。因此，若立项后双方签订的合同中明确约定了收取工程保证金的条款，且该条款符合上述合法性要求，则收取保证金的行为是合法的。
二、可能存在的非法情形
无合法依据收取：
- 若立项后，未通过招标程序或未签订正式合同，即单方面要求对方缴纳保证金，且无法提供合法依据（如法律法规、合同约定等），则可能构成非法收取。
保证金数额过高或用途不当：
- 保证金数额应合理，若过高可能构成对对方的不合理负担。同时，保证金应专款专用，若被挪作他用或未按照约定退还，也可能涉及违法问题。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在立项后签订合同前，务必仔细审查合同中关于保证金的条款，包括保证金数额、缴纳时间、退还条件等，确保条款合法、合理且明确。
保留相关证据：
- 若涉及保证金缴纳，应保留好相关证据，如转账记录、收据、合同等，以便在发生纠纷时维护自身权益。
及时咨询专业律师：
- 若对保证金收取的合法性存在疑问，或遇到保证金退还纠纷等问题，建议及时咨询专业律师，以便得到专业、准确的法律意见。
总结来说，立项后收取工程保证金是否合法，需结合具体法律法规、合同约定以及实际情况进行判断。若有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。