工程开工后交保证金不属于工程款，且该行为是否合法需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
一、保证金与工程款的区别
定义与性质：
- 工程款：是发包方根据合同约定，应支付给承包方的用于工程建设、设备购置、材料采购等费用的总称。它直接关联于工程的实际进展和完成情况。
- 保证金：通常是为了确保合同的履行或特定义务的完成而由一方（多为承包方）向另一方（发包方）缴纳的一定金额。其性质更偏向于一种担保措施，而非直接支付给承包方的工程费用。
用途与流向：
- 工程款直接用于工程的各项开支，是工程顺利进行的物质基础。
- 保证金则通常被存放在特定账户，作为合同履行的担保，在合同正常履行或特定条件满足时予以退还。
二、工程开工后交保证金的合法性
合同约定：
- 如果双方在合同中明确约定了开工后需缴纳保证金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种行为是合法的。
- 合同是双方意思表示一致的产物，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就具有法律效力。
法律法规：
- 我国法律并未明确禁止工程开工后缴纳保证金的行为。但是，如果保证金的缴纳方式、金额或退还条件等违反了相关法律法规（如《民法典》中关于担保的规定），则可能构成违法。
- 例如，如果保证金金额过高，超出了合理范围，或者退还条件过于苛刻，可能损害承包方的合法权益，从而引发法律纠纷。
实践操作：
- 在实际操作中，工程开工后缴纳保证金的情况并不罕见。但是，为了避免法律风险，双方应在合同中明确保证金的缴纳、使用、退还等条款，并确保这些条款符合法律法规的规定。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在签订工程合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于保证金的缴纳、使用、退还等条款，确保这些条款明确、合理且符合法律法规的规定。
遵守法律法规：
- 双方在履行合同过程中，应严格遵守相关法律法规的规定，不得利用保证金进行非法活动或损害对方的合法权益。
及时沟通与协商：
- 如果在合同履行过程中出现关于保证金的争议或问题，双方应及时沟通与协商，寻求合理的解决方案。如果无法达成一致意见，可以寻求法律途径解决争议。
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