结论：法院解除员工医疗期劳动合同但未出具解除劳动合同通知书，并不意味着劳动关系未解除，但解除的程序和效力可能存在问题，需根据具体情况判断。
一、劳动关系解除的认定
解除的实质要件：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，劳动关系的解除需满足法定条件，如员工医疗期满后不能从事原工作也不能从事用人单位另行安排的工作等。若法院已判决解除劳动合同，且该判决已生效，则从实质上讲，劳动关系已被解除。
解除的形式要件：
- 通常情况下，用人单位解除劳动合同应出具书面解除通知书，并送达员工。这是解除劳动合同的形式要件。然而，若法院已作出解除劳动合同的判决，且该判决具有法律效力，则即使未出具书面解除通知书，也不影响劳动关系解除的实质效力。但形式上的缺失可能导致程序上的瑕疵，如员工可能主张未收到解除通知，从而引发争议。
二、未出具解除通知书的法律后果
程序瑕疵：
- 未出具解除劳动合同通知书，可能构成解除程序上的瑕疵。员工有权要求用人单位补发解除通知书，或就解除程序提出异议。
争议解决：
- 若员工对解除有异议，可通过劳动争议仲裁或诉讼途径解决。在争议解决过程中，法院或仲裁机构将审查解除的实质要件和形式要件，以判断解除是否合法有效。
三、建议与措施
补发解除通知书：
- 为避免程序瑕疵和潜在争议，建议用人单位在法院判决解除劳动合同后，及时补发书面解除通知书，并确保送达员工。
保留证据：
- 用人单位应保留法院判决文书、送达回证等相关证据，以证明解除的合法性和有效性。
咨询专业律师：
- 若对解除程序或法律后果有疑问，建议及时咨询专业律师，以确保解除的合法性和合规性。
四、特殊情况考虑
员工主张未收到通知：
- 若员工主张未收到解除通知书，并因此否认劳动关系已解除，用人单位需提供证据证明已履行通知义务。如无法提供充分证据，可能面临劳动关系未解除的法律风险。
判决执行问题：
- 若法院判决已生效，但用人单位未执行（如未支付经济补偿等），员工可申请强制执行。此时，即使未出具解除通知书，也不影响判决的执行和劳动关系的解除。
总结：法院解除员工医疗期劳动合同但未出具解除劳动合同通知书，并不影响劳动关系解除的实质效力。但为避免程序瑕疵和潜在争议，建议用人单位及时补发书面解除通知书，并保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。