行政机关在法院判决其行政行为因为明显不当被撤销并责令重新作出处理后，应当遵循以下步骤和原则进行处理：

1. 重新收集并审查证据：

   • 行政机关需要重新收集与案件相关的证据，确保证据的充分性和确凿性。这是重新作出行政行为的基础，也是确保新行为合法性和合理性的关键。

2. 正确适用法律、法规：

   • 行政机关在重新作出行政行为时，必须正确适用相关的法律、法规。这要求行政机关对法律、法规有准确的理解和把握，避免出现法律适用错误。

3. 严格遵守法定程序：

   • 重新作出行政行为需遵循法定程序，包括但不限于立案、调查取证、告知当事人权利、举行听证（如适用）、作出决定、送达等。这些程序是保障当事人权益、确保行政行为公正性的重要环节。
   • 举例：若原行政行为涉及较大数额罚款，行政机关在重新作出时，应依法组织听证，保障当事人的听证权利，确保程序的正当性。

4. 在自由裁量权范围内作出恰当决定：

   • 行政机关在重新作出行政行为时，应在自由裁量权范围内作出恰当决定。这要求行政机关考虑相关因素，排除不相关因素的干扰，确保决定的合理性和公正性。

5. 不得以同一事实和理由作出基本相同的行政行为：

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十一条及《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，行政机关不得以同一的事实和理由作出与原行政行为基本相同的行政行为。这是为了保障司法和复议监督的权威性，防止行政机关滥用职权或逃避监督。

6. 在合理时间内完成重新作出行政行为的程序：

   • 尽管法律未明确规定行政机关重新作出行政行为的具体时限，但根据行政法的基本原则和效率要求，行政机关应在合理时间内完成重新作出行政行为的程序。这有助于维护行政效率，保障当事人的合法权益。
   • 具体时效：根据《中华人民共和国行政复议法实施条例》第四十九条，当行政复议机关责令被申请人重新作出具体行政行为时，若法律、法规、规章未明确规定期限，则重新作出具体行为的期限为60日。这一规定可作为行政机关在重新作出行政行为时参考的时效标准。

7. 接受当事人的救济途径：

   • 若当事人认为行政机关重新作出的行政行为违法或不合理，可依法通过行政复议或行政诉讼寻求救济。这是保障当事人权益、监督行政机关依法行政的重要途径。

法律背景与建议：

• 行政机关在重新作出行政行为时，必须严格遵守法律法规的规定，确保行为的合法性和合理性。同时，行政机关应充分考虑当事人的权益，保障程序的正当性和透明性。
• 若行政机关在重新作出行政行为过程中遇到法律难题或程序障碍，建议及时咨询专业律师或法律机构，以确保行为的合法性和有效性。

可能的法律后果：

• 若行政机关未按照法律法规的规定重新作出行政行为，或作出的行为仍然存在违法或不合理之处，可能面临再次被撤销或确认违法的风险。同时，行政机关及其工作人员还可能承担相应的法律责任。

有问题可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。