与公司协商补发公积金是合法的，但需结合具体情况和法律规定来分析。以下从不同角度展开说明：

1. 公积金的强制性缴纳义务

根据《住房公积金管理条例》第13-20条，用人单位必须为员工办理住房公积金账户设立手续，并按时、足额缴存住房公积金。若公司未依法缴纳或未足额缴纳，员工有权要求公司补缴。因此，协商补发公积金的本质是要求公司履行法定义务，具有合法性。

2. 协商补发的合法路径

• 协商优先：员工可先与公司协商，要求补缴欠缴的公积金。协商时需注意保留书面证据（如邮件、聊天记录），明确补缴金额、时间等细节。
• 投诉或举报：若协商无果，员工可向当地住房公积金管理中心投诉，由行政部门责令公司限期补缴。
• 劳动仲裁或诉讼：若公司拒不补缴，员工可申请劳动仲裁，要求确认劳动关系并补缴公积金；对仲裁结果不服的，可向法院起诉。

3. 注意事项

• 时效性：公积金补缴不受普通劳动争议1年仲裁时效的限制，但建议尽早主张权利，避免证据灭失。
• 补缴范围：补缴金额包括公司应缴部分和个人应缴部分（个人部分需从员工工资中扣除，若公司未代扣，员工需自行承担）。
• 避免违法操作：协商时不得要求公司以现金形式补发公积金（绕过公积金账户），否则可能涉嫌逃避监管，双方均需承担法律责任。

4. 公司拒不补缴的后果

根据《住房公积金管理条例》第38条，公司逾期不缴或少缴的，由住房公积金管理中心责令限期缴存；逾期仍不缴存的，可申请法院强制执行，并处1万元以上5万元以下罚款。

建议：若您所在公司存在公积金欠缴问题，可先通过协商解决；若协商无果，及时向住房公积金管理中心投诉或申请劳动仲裁。如有具体细节需进一步分析，可直接向我咨询。