核心前提：用户未签劳动合同，且已过仲裁时效，现希望公司补缴三年前的社保。
结论前置：
- 尽管过了仲裁时效，仍可尝试通过行政途径要求公司补缴社保。
- 若行政途径无果，可考虑通过法律诉讼主张其他相关权益，但补缴社保的直接诉求可能难以通过诉讼实现。
详细分析：
行政途径：
- 社保补缴的特殊性：社保补缴通常不受仲裁时效的限制，因为社保缴纳是公司的法定义务，且涉及公共利益。即使过了劳动争议的仲裁时效，你仍可以向当地社保部门（如社保局或社保征缴机构）投诉，要求公司补缴社保。
- 投诉流程：你需要准备相关证据，如工作证明、工资记录等，以证明你与公司存在劳动关系，并说明公司未缴纳社保的情况。社保部门会进行调查，并根据调查结果要求公司补缴社保。
法律诉讼途径：
- 诉讼的局限性：虽然你可以通过法律诉讼主张公司未签劳动合同的违法性，并可能获得相应的经济补偿（如双倍工资差额等），但直接要求公司补缴三年前的社保可能难以通过诉讼实现。因为社保补缴通常不属于劳动争议的受理范围，而是由社保行政部门负责处理。
- 其他权益的诉讼主张：如果你希望主张公司未签劳动合同的其他权益，如未签劳动合同的双倍工资差额、经济补偿金等，你可以在知道或应当知道权益被侵害之日起一年内提起劳动仲裁。但需要注意的是，这些权益的诉讼时效已经过期，你可能需要寻找其他法律依据或证据来支持你的诉求。
建议与提醒：
- 尽快行动：尽管过了仲裁时效，但行政途径可能仍然有效。建议你尽快向当地社保部门投诉，并提供相关证据。
- 咨询专业意见：在处理此类问题时，建议你咨询具有多领域法律实务经验的律师（比如我），以便更准确地了解你的权益和可行的维权途径。
- 保留证据：无论采取哪种途径，都需要保留好相关证据，如工作证明、工资记录、投诉材料等，以备不时之需。
如果你还有其他关于劳动法或社保方面的问题，可以直接向我咨询。