结论：律师委托合同上写的六千元是交通费，但收到的发票写的却是代理费，这种情况通常是不符合合同约定和财务规范的，可能会引发一系列问题。下面我将从不同角度为您详细分析。
一、合同约定与发票内容的一致性
合同约定：律师委托合同是双方意思表示一致的产物，其中明确约定了费用性质和金额。如果合同中明确写明六千元是交通费，那么双方就应当按照这一约定来履行。
发票内容：发票是财务收支的法定凭证，也是会计核算的原始依据。发票上应当准确反映交易的真实情况，包括费用性质和金额。如果发票上写的是代理费，而与合同约定的交通费不符，这就构成了发票内容与合同约定不一致的情况。
二、可能引发的法律问题
违约责任：如果律师或律师事务所未能按照合同约定提供服务或开具发票，可能构成违约。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约方应当承担违约责任，包括赔偿损失等。
税务问题：发票内容与合同约定不一致，还可能引发税务问题。税务机关在核查时，如果发现发票内容与实际交易不符，可能会对相关方进行税务处罚，包括补缴税款、加收滞纳金和罚款等。
证据效力：在诉讼或仲裁过程中，发票通常作为重要的证据来使用。如果发票内容与合同约定不一致，可能会影响其证据效力，甚至导致相关主张得不到支持。
三、建议与措施
与律师或律师事务所沟通：首先，建议您与开具发票的律师或律师事务所进行沟通，说明情况并要求其按照合同约定重新开具发票。
保留相关证据：在沟通过程中，务必保留好合同、发票以及沟通记录等相关证据，以备不时之需。
寻求法律帮助：如果沟通无果，或者您认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供法律咨询和代理服务，帮助您维护自己的合法权益。
四、预防措施
为了避免类似情况的发生，建议您在签订律师委托合同时，务必明确约定费用性质和金额，并在收到发票时仔细核对发票内容与合同约定是否一致。如果发现不一致的情况，应及时与对方沟通并要求更正。
总结：律师委托合同上写的六千元是交通费，但收到的发票写的却是代理费，这种情况是不符合合同约定和财务规范的。为了避免可能引发的法律问题，建议您及时与律师或律师事务所沟通并要求重新开具发票。如果沟通无果或权益受到侵害，可以寻求我的法律帮助。