结论：员工在因工伤拿到一次性伤残补助金且存在差额已起诉劳务公司的情况下，可以申请离职。以下是详细分析：

1. 法律权利层面：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有自主选择职业的权利，包括离职的自由。员工因工伤获得一次性伤残补助金，并不影响其依法行使离职的权利。无论是否正在进行与劳务公司的诉讼，员工都有权根据自己的意愿和职业规划，选择是否继续留在原公司工作。

2. 诉讼影响层面：

   • 员工因一次性伤残补助金存在差额而起诉劳务公司，这是员工维护自身合法权益的正当行为。该诉讼的进行并不构成对员工离职权利的限制。即使诉讼正在进行中，员工依然可以提出离职申请。但需要注意的是，离职可能会对诉讼产生一定影响，比如影响证据的收集、诉讼的进程等，但这并不改变员工离职的合法性。

3. 实际操作层面：

   • 在实际操作中，员工在提出离职申请时，应按照公司规定的离职流程进行，包括提交书面离职申请、办理工作交接等。同时，员工应确保在离职前或离职过程中，妥善保管与工伤及诉讼相关的证据材料，以免因离职而丢失或损坏。

建议：

• 员工在决定离职前，应充分考虑离职可能对自身权益产生的影响，包括但不限于诉讼的进展、工伤待遇的继续享受等。
• 如有必要，员工可以在离职前或离职过程中，咨询专业律师（即向我咨询），以获取更具体的法律建议和指导。