执业药师注册单位和社保缴纳单位不一致是否合法，需分情况讨论：

1. 若存在合法劳务派遣或人事代理关系
   根据《劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位应与被派遣劳动者订立劳动合同，并履行用人单位对劳动者的义务（如社保缴纳）。若执业药师与A公司签订劳动合同并由A公司缴纳社保，但被派遣至B公司（注册单位）从事药学服务，此时社保缴纳单位（A）与注册单位（B）不一致属于合法情形。
   关键证据：需提供劳务派遣协议、劳动合同、社保缴纳记录等材料，证明存在合法派遣关系。

2. 若存在“挂证”行为（即无实际劳动关系）
   若执业药师将资格证注册在B公司，但未与B公司建立真实劳动关系，社保由其他单位（如C公司）缴纳，甚至未缴纳社保，则属于违法行为。
   法律依据：

   • 《执业药师职业资格制度规定》第二十六条明确禁止“挂证”行为，即执业药师不得以虚假方式取得注册证，或出租、出借、转让注册证。
     
   • 《社会保险法》第五十八条规定，用人单位应自用工之日起30日内为职工办理社保登记。若注册单位未履行社保缴纳义务，可能面临劳动监察部门处罚。
     法律后果：
     
   • 行政处罚：药监部门可撤销注册证，并处以罚款（如《执业药师注册管理办法》第三十四条）。
     
   • 刑事责任：若“挂证”行为涉及药品质量安全问题（如未履职导致假药流通），可能构成《刑法》第一百四十二条的生产、销售劣药罪。

3. 若存在多份兼职但未依法处理劳动关系
   若执业药师同时与多家单位存在兼职关系，但仅由其中一家缴纳社保，其他注册单位未处理劳动关系或社保问题，则可能涉及以下风险：

   • 劳动关系认定风险：根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号），若实际接受单位管理并从事有报酬劳动，可能被认定为存在事实劳动关系，此时未缴纳社保的单位需补缴社保并承担滞纳金。
     
   • 注册合规风险：部分省份药品监管部门要求注册单位与劳动合同单位一致，否则不予注册或注销注册证（如《广东省药品监督管理局关于执业药师注册管理有关事项的通告》）。

建议行动：

• 若属于合法派遣或代理关系，需保留完整证据链（如派遣协议、工资流水、社保记录），避免被误认为“挂证”。
  
• 若存在“挂证”或兼职未处理劳动关系的情况，建议立即整改：
  
  • 终止虚假注册行为；
    
  • 与实际工作单位签订劳动合同并缴纳社保；
    
  • 向药监部门说明情况并申请变更注册信息。
    

温馨提示：执业药师注册与社保缴纳单位的一致性，本质是核查是否存在“人证分离”的违规行为。建议定期自查劳动关系、社保缴纳及注册信息是否匹配，降低法律风险。如有具体案例或证据材料，可进一步向我提供细节，我会为您分析合规性。