针对您提出的问题——公司注册地与员工作地不一致，给员工缴纳社保在公司注册地是否合法，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，社保的缴纳地点通常与劳动合同的履行地或员工的实际工作地相关联，而非单纯的公司注册地。这是因为社保制度的设计初衷是为了保障员工在工作地的相关权益，包括医疗、养老、失业等。
从法律层面来看，《社会保险法》等相关法规并未直接禁止公司在注册地以外的地区为员工缴纳社保，但实际操作中，如果员工的工作地与公司注册地不一致，且公司未在员工工作地设立分支机构或未通过合法途径在员工工作地缴纳社保，而是直接在注册地缴纳，这可能会引发一系列问题。
具体来说，如果公司在注册地为员工缴纳社保，但员工实际工作地在其他地区，那么员工在享受社保待遇时可能会遇到不便，比如医疗报销、养老金领取等。此外，这种做法还可能被视为违反了社保缴纳的相关规定，因为社保缴纳应当与员工的实际工作情况相匹配。
以您提到的案例为例，某国际公司（注册地北京）的员工胡飞，在北京任职，但公司却通过济南分公司为其代缴社保。社保中心对此不认可，并要求公司为其补缴社会保险费。这一案例充分说明了，即使公司有分支机构，也不能随意选择缴纳社保的地点，而应当遵循与员工实际工作情况相匹配的原则。
因此，对于您的情况，如果公司注册地与员工作地不一致，建议公司采取以下措施之一：
在员工工作地设立分支机构并办理社保登记：这样可以直接在员工工作地缴纳社保，确保员工能够顺利享受社保待遇。
通过合法途径在员工工作地缴纳社保：如果公司无法在员工工作地设立分支机构，可以考虑与当地的社保代理机构合作，通过合法途径为员工缴纳社保。
与员工协商并达成一致：在某些特殊情况下，如果员工同意在注册地缴纳社保，并且公司能够确保员工在享受社保待遇时不会遇到不便，那么也可以考虑在注册地缴纳社保。但这种情况需要谨慎处理，并确保符合相关法律法规的规定。
总之，公司注册地与员工作地不一致时，给员工缴纳社保在公司注册地并不一定合法。公司应当根据员工的实际工作情况，选择合适的社保缴纳地点和方式，以确保员工的权益得到保障。