针对您提出的“员工回总部培训三个月是否合法”的问题，这实际上涉及到用人单位对员工进行培训安排以及相关劳动法规的适用。以下是我对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，用人单位有权根据业务需要和员工发展计划，安排员工进行培训。这种培训可能是为了提升员工的专业技能、增强团队协作能力，或者是为了适应公司新的业务方向。从这一角度来看，安排员工回总部进行培训，本身并不违法。

然而，问题的关键在于培训的时间长度以及培训期间员工的待遇是否合理合法。根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定规章制度和进行员工管理时，必须充分保障劳动者的劳动权和获得劳动报酬的权利。这意味着，用人单位在安排员工进行长时间培训时，不能变相降低员工的劳动报酬，也不能侵害员工的劳动权利。

具体到您提到的情况，如果员工被要求回总部培训三个月，且在这期间工资以最低工资标准发放，或者没有提供合理的劳动报酬，那么这种安排就可能存在问题。因为长时间停工培训，且工资待遇不合理，很可能被视为对员工劳动权利的侵害。

在实际情况中，如果用人单位的培训安排超出了合理限度，比如培训时间过长、培训内容与员工工作无关、或者培训期间工资待遇不合理等，员工有权提出异议，并可以通过劳动仲裁或法律途径来维护自己的权益。

因此，对于“员工回总部培训三个月是否合法”的问题，不能一概而论。关键在于培训的安排是否合理合法，是否充分保障了员工的劳动权和获得劳动报酬的权利。如果用人单位的培训安排符合相关法律法规的规定，且得到了员工的同意和认可，那么这种安排就是合法的。反之，如果培训安排存在问题，侵害了员工的合法权益，那么员工就有权提出异议并寻求法律救济。

最后，建议用人单位在制定培训计划和安排员工培训时，要充分考虑员工的实际情况和需求，确保培训安排既符合业务需要，又充分保障员工的合法权益。同时，员工在面对不合理的培训安排时，也要勇于提出异议，并通过合法途径来维护自己的权益。