针对您提出的“两家医院合并后自己辞职怎么办”的问题，以下是我的详细分析和建议：

1. 关于医院合并与劳动合同的关系：

   • 医院合并通常属于企业重组或变更的一种形式。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。这意味着，即使医院合并，您的劳动合同仍然有效，且新医院应继续履行原劳动合同中的各项条款。

2. 关于辞职的决定：

   • 如果您在两家医院合并后决定辞职，这是您的个人选择，但需要遵循一定的法律程序。根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前辞职应提前三十日以书面形式通知用人单位（在试用期内则需提前三日）。这是您辞职时应遵循的基本法律程序。

3. 关于辞职后的权益保障：

   • 辞职后，您有权要求新医院（即承继原医院权利和义务的用人单位）按照原劳动合同的约定支付您应得的工资、奖金、津贴等劳动报酬，并办理相关的离职手续，如出具解除或终止劳动合同的证明、办理档案和社会保险关系转移手续等。
   • 如果新医院在您辞职后未按照法律规定支付劳动报酬或办理相关手续，您有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

4. 关于可能面临的法律后果：

   • 如果您未按照法律规定提前通知新医院而直接辞职，可能会给新医院造成一定的损失。根据《劳动合同法》的相关规定，劳动者违反本法规定解除劳动合同，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。但这一责任通常限于因您未提前通知而给新医院造成的直接经济损失。

5. 我的建议：

   • 在决定辞职前，建议您先与新医院的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解新医院对您的职位安排、薪资待遇等方面的计划，以便您做出更明智的决定。
   • 如果您决定辞职，请务必按照法律规定提前通知新医院，并办理好相关的离职手续，以避免不必要的法律纠纷。
   • 如果在辞职过程中遇到任何问题或纠纷，您可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。

总之，两家医院合并后您决定辞职是一个需要谨慎处理的问题。希望我的分析和建议能对您有所帮助。如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律咨询，请随时向我提问。