当医院里的两个部门合并后，处理过程需要综合考虑多个方面以确保合并的顺利进行以及合并后的高效运作。以下是一些建议来处理医院部门合并的情况：

一、明确合并目的与原则

首先，需要明确合并的目的，比如提高服务效率、优化资源配置、增强综合竞争力等。同时，确定合并的基本原则，如“保留优势、互补不足、统一管理、降低成本”等，以确保合并过程中的决策和行动都符合这些原则。

二、进行组织架构调整

1. 梳理部门职能：对两个部门的职能进行详细梳理，明确各自的优势和劣势，以及合并后可以形成的新的职能或优化点。
2. 设计新的组织架构：根据梳理结果，设计新的组织架构图，明确各部门的职责、权限和相互关系。这可能需要重新分配人员、调整岗位设置和职责划分。
3. 统一管理制度：合并后，需要统一两个部门的管理制度，包括工作流程、规章制度、绩效考核等，以确保整个组织的运作效率和一致性。

三、人员安排与培训

1. 人员评估与分配：对两个部门的人员进行评估，根据他们的专业技能、工作经验和性格特点，进行合理分配和安排。这可能需要与员工进行沟通和协商，以确保他们的意愿和期望得到满足。
2. 培训与发展：针对合并后的新岗位和新职责，组织相应的培训和发展活动，帮助员工快速适应新的工作环境和要求。这可以包括技能培训、团队建设、文化融合等方面。

四、资源整合与利用

1. 资产清查与整合：对两个部门的资产进行清查和整合，包括设备、设施、物资等，以确保资源的合理利用和避免浪费。
2. 信息共享与协同：建立信息共享机制，促进两个部门之间的信息交流和协同工作。这可以通过建立统一的信息化平台、共享数据库等方式实现。

五、文化与融合

1. 文化融合：合并后，需要关注两个部门文化的融合问题。通过组织文化交流活动、宣传合并后的新文化等方式，促进员工之间的相互了解和认同。
2. 建立共同愿景：与员工一起制定合并后的共同愿景和目标，激发员工的归属感和使命感，推动组织的持续发展。

六、持续监测与评估

在合并过程中和合并后，需要持续监测和评估合并的效果和影响。这可以通过定期收集反馈、进行绩效评估、组织满意度调查等方式实现。根据监测和评估结果，及时调整和优化合并策略和实施计划。

综上所述，医院里两个部门的合并是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多个方面并采取相应的措施来确保合并的顺利进行和合并后的高效运作。