结论前置：公司搬迁后剩余两个部门合并，涉及员工劳动关系处理、合同变更、经济补偿等多个法律问题，需根据具体情况妥善处理。以下是具体分析：

1. 劳动关系处理
   部门合并属于“劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化”，根据《劳动合同法》第四十条，公司需与员工协商变更劳动合同内容（如岗位、工作地点）。若协商不成，公司可提前30日书面通知或支付代通知金后解除合同，但需支付经济补偿金（N倍月工资）。
   关键点：合并本身不直接导致合同解除，但若岗位取消或工作地点变更超出合理范围（如跨市搬迁），员工有权拒绝并主张补偿。

2. 合同变更的合法性
   若合并后员工岗位、薪资未降低，且工作地点变更在合理范围内（如同城搬迁），公司可单方面调整劳动合同内容，但需书面通知员工并保留证据。若员工拒绝，公司需证明调整的合理性（如业务需要、无歧视性）。
   风险点：未经协商强制调岗或降薪可能构成违法变更，员工可主张继续履行原合同或要求赔偿。

3. 经济补偿的计算
   若因合并导致劳动合同解除，经济补偿按员工工作年限计算，每满1年支付1个月工资。6个月以上不满1年的按1年计算，不满6个月的支付半个月工资。
   例外情形：若员工主动提出解除合同（如因公司未提供劳动条件），则无补偿；若公司违法解除，需支付2N倍赔偿金。

4. 员工权益保护建议

   • 协商阶段：要求公司出具书面合并方案及调岗/调薪通知，明确变更内容及依据。
     
   • 异议处理：若不同意变更，可书面提出异议并要求公司维持原合同，或协商解除合同并主张补偿。
     
   • 证据留存：保存工资条、劳动合同、调岗通知等材料，以备维权。

行动建议：

• 若公司未依法协商或补偿，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
  
• 涉及复杂情形（如跨省搬迁、高管岗位调整），建议进一步提供细节以便针对性分析。
  

如有具体问题，可直接向我咨询，我会结合案例和法规为您详细解答。