针对您提出的“公司合并员工自己离职怎么办”这一问题，我将从法律角度和实际操作层面为您详细解答。

首先，从法律层面来看，员工主动离职的程序并不因公司合并而简化或改变。根据《劳动合同法》的相关规定，正式员工若想主动离职，需提前三十日以书面形式通知用人单位；而试用期员工则需提前三日通知。这一规定是为了保障用人单位有足够的时间进行人员调整和工作交接，确保公司运营的连续性。因此，即使公司正在进行合并，您作为员工若想主动离职，仍需按照这一规定提前通知用人单位。

其次，关于经济补偿的问题，这主要取决于离职的原因和方式。

1. 员工主动离职：

   • 在这种情况下，员工通常无法获得经济补偿。因为主动离职是员工基于个人原因做出的决定，与用人单位无关。

2. 因公司合并导致劳动合同无法履行而离职：

   • 如果公司合并导致您的原工作岗位变动或劳动合同无法继续履行，且您与用人单位就变更劳动合同无法达成一致，那么用人单位在解除劳动合同时，需按照您的工作年限支付经济补偿。具体标准为：每满一年支付一个月工资的经济补偿；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。

3. 公司违法解除劳动合同：

   • 如果公司在合并过程中违法解除了您的劳动合同，那么您有权要求公司按照上述经济补偿标准的双倍支付赔偿金。

在实际操作层面，若您决定主动离职，建议您：

• 提前与用人单位沟通，明确离职意愿和时间，并按照规定提交书面离职通知。
• 做好工作交接，确保离职后公司运营不受影响。
• 了解并确认自己的工资结算、福利待遇等是否已处理完毕。

若您因公司合并导致劳动合同无法履行而离职，或认为公司存在违法解除劳动合同的行为，建议您：

• 与用人单位进行协商，明确经济补偿等事项。
• 若协商不成，可收集相关证据（如劳动合同、工资流水、工作证等），向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总之，公司合并并不影响员工主动离职的程序和规定，但离职原因和方式将决定您是否能获得经济补偿。希望以上解答能对您有所帮助。