针对您提出的问题，即在一个公司上班三年，每天工作时间超过八个小时，起诉公司是否会赔偿加班费，我的结论是：在符合一定条件下，您有权要求公司支付加班费，并可以通过法律途径维护自己的权益。
加班费的法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应当支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应当支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
加班事实的证明：
- 要获得加班费，您首先需要证明存在加班的事实。这可以通过考勤记录、工作邮件、加班申请单、同事证言等多种方式来证明。如果公司没有规范的考勤制度，或者考勤记录被公司篡改，您可能需要收集其他间接证据来支持您的主张。
起诉公司的可行性：
- 如果您能够证明存在加班的事实，并且公司没有按照法律规定支付加班费，那么您有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求公司支付加班费。在起诉前，建议您先与公司进行协商，看是否能够达成和解。如果协商无果，再考虑通过法律途径解决。
可能的法律后果：
- 如果法院认定公司存在未支付加班费的行为，那么公司将被判决支付您应得的加班费，并可能承担因未支付加班费而产生的其他法律责任，如支付滞纳金、赔偿金等。同时，这也可能对公司的声誉和信誉造成一定的影响。
建议与行动：
- 在采取法律行动之前，建议您先收集并整理好所有与加班相关的证据，包括考勤记录、工作邮件、加班申请单等。
- 您可以咨询专业的劳动法律师，了解您的具体权益和可能的法律后果，以及制定合适的诉讼策略。
- 如果决定起诉公司，请确保在法律规定的时效期内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
综上所述，如果您能够证明存在加班的事实，并且公司没有按照法律规定支付加班费，那么您有权通过法律途径要求公司支付加班费。 在处理此类问题时，建议您保持冷静和理性，通过合法途径维护自己的权益。如果您有任何进一步的法律问题或需要更具体的建议，请随时向我咨询。