员工加班超时，确实可以起诉公司并要求相应的赔偿。这主要涉及到超时加班工资的支付以及可能的加付赔偿金，具体分析如下：
一、超时加班工资的支付
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 同时，《劳动法》第四十一条规定了加班的时间限制，即一般每日不得超过一小时，特殊情况下每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。这是判断超时加班的基本标准。
赔偿计算方式：
- 工作日加班工资 = 月工资基数÷21.75÷8×加班小时数×150%；
- 休息日加班工资（若不能安排补休） = 月工资基数÷21.75×加班天数×200%；
- 法定节假日加班工资 = 月工资基数÷21.75×加班天数×300%。
示例：
假设劳动者小张月工资为6000元，每月工作日22天，每天工作8小时。某月小张在正常工作日加班10小时，休息日加班2天（每天8小时），法定节假日加班1天（8小时）。则：
- 每小时工资：\(6000 ÷ (22 × 8) ≈ 34.09\) 元/小时
- 工作日加班工资：\(34.09 × 10 × 150\% = 511.35\) 元
- 休息日加班工资：\(34.09 × 8 × 2 × 200\% = 1090.88\) 元
- 法定节假日加班工资：\(34.09 × 8 × 300\% = 818.16\) 元
- 该月加班工资总计：\(511.35 + 1090.88 + 818.16 = 2420.39\) 元
二、加付赔偿金
法律依据：
- 若用人单位未按规定支付加班费，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条，劳动行政部门可责令限期支付；逾期不支付的，用人单位需按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
赔偿计算方式（继续上述示例）：
- 若劳动行政部门责令单位限期支付上述加班费，但单位逾期未支付，并假设按应付金额的60%加付赔偿金，则加付赔偿金为 \(2420.39 × 60\% = 1452.23\) 元。
三、经济补偿金（因超时加班解除劳动合同）
如果因为公司超时加班且未支付加班费等违法行为，导致劳动者解除劳动合同的，劳动者还有权要求公司支付经济补偿金。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条和第四十七条，若劳动者依照第三十八条规定解除劳动合同（包括未及时足额支付劳动报酬等情形），用人单位应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
赔偿计算方式：
- 经济补偿金 = 工作年限×月工资（劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资）。
四、证据收集与诉讼建议
- 劳动者在主张超时加班赔偿时，务必收集并保存相关证据，如考勤记录、加班通知、工作邮件、工时记录、工资单等，以证明自己的加班事实和应得赔偿数额。
- 在诉讼过程中，劳动者应依法向劳动行政部门或法院提出诉求，并提交充分证据支持自己的主张。
综上所述，员工加班超时起诉公司，可以要求支付超时加班工资、可能的加付赔偿金以及经济补偿金。劳动者在维权过程中需注重证据收集与法律程序，以确保自身权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。