公司员工超时间加班，赔偿方式主要取决于是否支付了加班费以及加班是否符合法律规定，具体分以下几种情况：

1. 公司已支付加班费但加班时间合法：

   • 如果公司安排员工加班，但加班时间未超过《劳动法》规定的上限（即每日不超过1小时，特殊原因下每日不超过3小时，每月不超过36小时），并且公司已经按照法律规定支付了加班费（平日1.5倍、休息日2倍、法定节假日3倍工资），则公司无需进行额外赔偿。

2. 公司未支付加班费但加班时间合法：

   • 若公司安排员工加班且加班时间合法，但未支付相应的加班费，员工有权要求公司补发加班费。此时，公司需按照法定标准支付加班费，并可能面临劳动行政部门的处罚，但通常不涉及对员工的直接赔偿（除非因未支付加班费导致员工解除劳动合同，此时员工可主张经济补偿）。

3. 公司加班时间超过法定上限：

   • 如果公司安排的加班时间超过了《劳动法》规定的上限，即使公司支付了加班费，也可能面临劳动行政部门的处罚，如警告、责令改正、罚款等。
   • 对于员工而言，若因超时加班导致健康受损或其他损失，员工可以依据《民法典》中关于侵权责任的规定，要求公司承担相应的赔偿责任。这包括医疗费、误工费、精神损害抚慰金等。
   • 此外，如果超时加班情况严重，员工还可以以此为由解除劳动合同，并依据《劳动合同法》的规定，要求公司支付经济补偿。经济补偿的标准根据员工在公司的工作年限和月工资水平确定。

4. 特殊情形下的赔偿：

   • 在某些特殊情况下，如公司强迫或变相强迫员工加班，或者加班环境恶劣导致员工健康受损等，员工可能还可以主张更高的赔偿，包括但不限于惩罚性赔偿、伤残赔偿等。

行动建议：

• 作为员工，如果发现公司存在超时加班且未支付加班费的情况，首先应与公司协商解决，要求公司补发加班费并调整加班安排。
• 如果协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉，请求劳动行政部门介入调查并处理。
• 若因超时加班导致健康受损或其他严重损失，建议及时收集证据（如医疗记录、加班记录等），并咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。