针对您提出的“根据劳动法单位合并员工辞职怎么赔偿”的问题，以下是我为您提供的清晰、详细、有深度的解答：

首先，我们需要明确的是，当单位发生合并时，根据《劳动合同法》的相关规定，原劳动合同是继续有效的，并且由承继权利义务的单位来履行。这意味着，在单位合并的情况下，员工的劳动合同并不会自动终止，而是会由新的单位来继续执行。

然而，如果单位合并后导致劳动合同无法继续履行，并且双方未能就变更合同内容达成协议，那么单位在这种情况下解除劳动合同，是需要向员工支付经济补偿的。

经济补偿的计算方式是根据员工在本单位的工作年限来确定的。具体来说，每满一年，单位需要支付员工一个月的工资作为经济补偿。如果员工的工作年限在六个月以上但不满一年，那么按照一年来计算；如果工作年限不满六个月，那么单位需要支付员工半个月的工资作为经济补偿。这里的月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

以您提到的例子来说，如果员工在单位工作了两年零九个月，月平均工资为6000元，那么经济补偿的计算方式就是：工作两年按照两年计算，即2×6000=12000元；剩下的九个月因为超过六个月，所以按照一年来计算，即1×6000=6000元。两者相加，经济补偿总额就是18000元。

此外，如果单位违反《劳动合同法》的规定解除劳动合同，员工不仅有权要求继续履行劳动合同，如果员工不要求继续履行或者劳动合同已经无法继续履行，单位还需要按照上述经济补偿标准的二倍向员工支付赔偿金。

因此，在面对单位合并导致可能离职的情况时，员工应该了解自己的权益，并在必要时通过协商、调解、仲裁或者诉讼等途径来维护自己的合法权益。同时，员工也应该注意保留好相关的证据和文件，以便在需要时能够提供有力的支持。